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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bit | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF ANIONIC SALMON TRYPSIN IN A SECOND CRYSTAL FORM | ||||||
要素 | TRYPSIN | ||||||
キーワード | SERINE PROTEINASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trypsin / digestion / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmo salar (タイセイヨウサケ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.83 Å | ||||||
データ登録者 | Berglund, G.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995 タイトル: Structure of anionic salmon trypsin in a second crystal form. 著者: Berglund, G.I. / Smalas, A.O. / Hordvik, A. / Willassen, N.P. #1: ジャーナル: To be Published タイトル: Cold-Adaption of Enzymes: Structural Comparison between Salmon and Bovine Trypsins 著者: Smalas, A.O. / Heimstad, E.S. / Hordvik, A. / Willassen, N.P. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993 タイトル: Crystal Structure Determination and Refinement of Benzamidine-Inhibited Trypsin from the North Atlantic Salmon (Salmo Salar) 著者: Smalas, A.O. / Hordvik, A. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Studies of Benzamidine-Inhibited Trypsin from the North Atlantic Salmon (Salmo Salar) 著者: Smalas, A.O. / Hordvik, A. / Hansen, L.K. / Hough, E. / Jynge, K. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989 タイトル: Crystal Structure of Bovine B-Trypsin at 1.5 Angstroms Resolution in a Crystal Form with Low Molecular Packing Density 著者: Bartunik, H.D. / Summers, L.J. / Bartsch, H.H. #5: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1983 タイトル: The Geometry of the Reactive Site and of the Peptide Groups in Trypsin, Trypsinogen and its Complexes with Inhibitors 著者: Marquart, M. / Walter, J. / Deisenhofer, J. / Bode, W. / Huber, R. #6: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1979 タイトル: The Accuracy of Refined Protein Structures: Comparison of Two Independently Refined Models of Bovine Trypsin 著者: Chambers, J.H. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bit.cif.gz | 55.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bit.ent.gz | 43.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bit.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/1bit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/1bit | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25402.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmo salar (タイセイヨウサケ) 参照: PIR: S31776, UniProt: P35031*PLUS | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | CALCIUM (IDENTIFIER CA) IS STRUCTURALLY BOUND IN THE SAME SEQUENTIAL POSITION AS FOR BOVINE TRYPSIN. ...CALCIUM (IDENTIFIER | 配列の詳細 | THE AMINO ACID NUMBERING SYSTEM IS THE ONE ADOPTED FROM CHYMOTRYPSINOGEN AND IS ALSO THE SAME AS ...THE AMINO ACID NUMBERING SYSTEM IS THE ONE ADOPTED FROM CHYMOTRYPS | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.78 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.83 Å / Num. obs: 15984 / % possible obs: 88.2 % / Num. measured all: 25917 / Rmerge F obs: 0.06 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.83→8 Å / σ(F): 3 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.83→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR/PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.199 / Rfactor Rfree: 0.272 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 14.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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