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- PDB-1bir: RIBONUCLEASE T1, PHE 100 TO ALA MUTANT COMPLEXED WITH 2' GMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bir
タイトルRIBONUCLEASE T1, PHE 100 TO ALA MUTANT COMPLEXED WITH 2' GMP
要素RIBONUCLEASE T1
キーワードENDORIBONUCLEASE / HYDROLASE / NUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hyphal tip / ribonuclease T1 / ribonuclease T1 activity / cell septum / RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-2'-MONOPHOSPHATE / Guanyl-specific ribonuclease T1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Doumen, J. / Gonciarz, M. / Zegers, I. / Loris, R. / Wyns, L. / Steyaert, J.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: A catalytic function for the structurally conserved residue Phe 100 of ribonuclease T1.
著者: Doumen, J. / Gonciarz, M. / Zegers, I. / Loris, R. / Wyns, L. / Steyaert, J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Role of Histidine-40 in Ribonuclease T1 Catalysis: Three-Dimensional Structures of the Partially Active His40Lys Mutant
著者: Zegers, I. / Verhelst, P. / Choe, H.W. / Steyaert, J. / Heinemann, U. / Saenger, W. / Wyns, L.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Ribonuclease T1 2'-Gmp Complex at 1.9-A Resolution
著者: Arni, R. / Heinemann, U. / Tokuoka, R. / Saenger, W.
履歴
登録1996年1月4日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE T1
B: RIBONUCLEASE T1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8446
ポリマ－22,0372
非ポリマー8074
水2,504139
1
A: RIBONUCLEASE T1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4223
ポリマ－11,0191
非ポリマー4032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RIBONUCLEASE T1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4223
ポリマ－11,0191
非ポリマー4032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.200, 48.190, 40.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9963, 0.0852, -0.0065), (-0.0851, -0.9963, -0.0077), (-0.0072, -0.0071, 0.9999)
ベクター: 24.4746, 2.1411, -19.7745)

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE T1 / RNASE T1


分子量: 11018.598 Da / 分子数: 2 / 変異: F100A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEX WITH 2'-GMP / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌) / 解説: STEYAERT ET AL. (1990) BIOCHEMISTRY 29, 9064-9072 / 遺伝子: SYNTHETIC GENE / プラスミド: PMC5-RT1 / 遺伝子 (発現宿主): SYNTHETIC GENE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00651, EC: 3.1.27.3
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-2GP / GUANOSINE-2'-MONOPHOSPHATE / 2′-GMP


分子量: 363.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.04 %
結晶化
*PLUS
pH: 4.2 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: used to seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlrecombinant Phe 100 Ala RNase T11drop
21.25 %(w/v)2'-GMP1drop
325 mMsodium acetate1drop
42.5 mMcalcium acetate1drop
552.5 %MPD1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→10 Å / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.056
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 17890 / % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.82 Å / 最低解像度: 1.9 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.056

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 -10 %
Rwork0.186 --
obs0.186 17686 -
原子変位パラメータBiso mean: 14.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1550 48 0 115 1713
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.835
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.755

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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