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- PDB-1bhp: STRUCTURE OF BETA-PUROTHIONIN AT ROOM TEMPERATURE AND 1.7 ANGSTRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bhp
タイトルSTRUCTURE OF BETA-PUROTHIONIN AT ROOM TEMPERATURE AND 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION
要素BETA-PUROTHIONIN
キーワードPLANT TOXIN / THIONINS
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thionin-like / Thionin / Thionin-like superfamily / Plant thionin / Plant thionins signature. / Crambin / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PHOSPHATE ION / Purothionin A-1
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Teeter, M.M. / Stec, B. / Rao, U.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995
タイトル: Refinement of purothionins reveals solute particles important for lattice formation and toxicity. Part 2: structure of beta-purothionin at 1.7 A resolution.
著者: Stec, B. / Rao, U. / Teeter, M.M.
履歴
登録1995年3月15日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-PUROTHIONIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,3346
ポリマ－4,9371
非ポリマー3975
水1,38777
1
A: BETA-PUROTHIONIN
ヘテロ分子

A: BETA-PUROTHIONIN
ヘテロ分子

A: BETA-PUROTHIONIN
ヘテロ分子

A: BETA-PUROTHIONIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,33724
ポリマ－19,7484
非ポリマー1,58920
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.940, 53.940, 72.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-50-

PO4

21A-52-

ACT

31A-52-

ACT

41A-67-

HOH

51A-90-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド BETA-PUROTHIONIN


分子量: 4936.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 組織: GRAIN / 参照: UniProt: P01543
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.08 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.9 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlbeta-purothionin1drop
22 %dioxane1drop
35 %MPD1drop
458 %ammonium sulfate1drop
575 mMsodium cacodylate1drop
610 %MPD1reservoir
720 %1reservoirMgCl2
890 mMsodium cacodylate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 5160 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.096
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.096

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SDMSSOFTWAREデータ収集
PROLSQ精密化
SDMSデータ削減
精密化解像度: 1.7→10 Å / σ(F): 2.5 /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 --
obs0.198 4966 73.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数337 0 25 77 439
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0310.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.040.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.452
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.772.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.563
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.043
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0080.015
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1740.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.170.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.190.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.210.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor25
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor19.618
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor1.820
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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