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万見
- PDB-1bho: MAC-1 I DOMAIN MAGNESIUM COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bho
タイトルMAC-1 I DOMAIN MAGNESIUM COMPLEX
要素CD11B
キーワードCELL ADHESION / INTEGRIN / I DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ectodermal cell differentiation / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of neutrophil degranulation / response to Gram-positive bacterium / response to curcumin / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / vertebrate eye-specific patterning / complement component C3b binding / complement-mediated synapse pruning / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade ...ectodermal cell differentiation / integrin alphaM-beta2 complex / positive regulation of neutrophil degranulation / response to Gram-positive bacterium / response to curcumin / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / vertebrate eye-specific patterning / complement component C3b binding / complement-mediated synapse pruning / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / : / complement receptor mediated signaling pathway / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / cargo receptor activity / phagocytosis, engulfment / negative regulation of dopamine metabolic process / forebrain development / amyloid-beta clearance / tertiary granule membrane / plasma membrane raft / Integrin cell surface interactions / positive regulation of protein targeting to membrane / response to mechanical stimulus / specific granule membrane / positive regulation of superoxide anion generation / heat shock protein binding / receptor-mediated endocytosis / response to ischemia / cell-matrix adhesion / Cell surface interactions at the vascular wall / response to amphetamine / integrin-mediated signaling pathway / microglial cell activation / cell-cell adhesion / integrin binding / response to estradiol / amyloid-beta binding / signaling receptor activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell adhesion / external side of plasma membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / cell surface / : / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor ...: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin domain superfamily / Integrin alpha, N-terminal / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / ISOMORPHOUS TO KNOWN PDB ENTRY 1IDN / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Baldwin, E.T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Cation binding to the integrin CD11b I domain and activation model assessment
著者: Baldwin, E.T. / Sarver, R.W. / Bryant Jr., G.L. / Curry, K.A. / Fairbanks, M.B. / Finzel, B.C. / Garlick, R.L. / Heinrikson, R.L. / Horton, N.C. / Kelley, L.L. / Mildner, A.M. / Moon, J.B. / ...著者: Baldwin, E.T. / Sarver, R.W. / Bryant Jr., G.L. / Curry, K.A. / Fairbanks, M.B. / Finzel, B.C. / Garlick, R.L. / Heinrikson, R.L. / Horton, N.C. / Kelley, L.L. / Mildner, A.M. / Moon, J.B. / Mott, J.E. / Mutchler, V.T. / Tomich, C.S. / Watenpaugh, K.D. / Wiley, V.H.
履歴
登録1998年6月10日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _diffrn_source.source / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: CD11B
2: CD11B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4284
ポリマ－43,3802
非ポリマー492
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.590, 123.270, 75.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9648, 0.2629, 0.0044), (0.263, 0.9648, 0.0015), (-0.0038, 0.0026, -0.9999)
ベクター: -0.0582, -0.0323, 43.769)

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要素

#1: タンパク質 CD11B / CELL SURFACE GLYCOPROTEIN MAC-1 ALPHA SUBUNIT


分子量: 21689.836 Da / 分子数: 2 / 断片: MAC-1 ALPHA DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: BL21 / プラスミド: BL21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSE / 参照: UniProt: P11215
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
解説: DATA WERE COLLECTED BY OSCILLATION WITH 0.25 DEGREE FRAME WIDTHS.
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION ON SITTING DROP BRIDGES. THE WELL MIX OF 20-24% PEG6000 BUFFERED WITH 100 MM NA ACETATE PH 5.0 WAS MIXED 1:1 WITH 3 UL OF I DOMAIN PROTEIN (20-30 MG/ML, ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION ON SITTING DROP BRIDGES. THE WELL MIX OF 20-24% PEG6000 BUFFERED WITH 100 MM NA ACETATE PH 5.0 WAS MIXED 1:1 WITH 3 UL OF I DOMAIN PROTEIN (20-30 MG/ML, 50 MM HEPES PH 7.0, 0.025% NA AZIDE). CRYSTALS WERE STABLIZED IN 100MM MGCL2, 100 MM NA ACETATE 5.0, 26% PEG6000 FOR DATA COLLECTION., vapor diffusion - sitting drop
PH範囲: 5.0-7.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: reservoir was mixed 1:1 with 3 microlitter protein
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120-30 mg/mlprotein1drop
250 mMHEPES1drop
30.025 %sodium azide1drop
420-24 %PEG60001reservoir
5100 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年7月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→10 Å / Num. obs: 9414 / % possible obs: 60.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.9 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.221 / % possible all: 45
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 9702 / % possible obs: 60.4 % / Num. measured all: 42316 / Rmerge(I) obs: 0.101

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: ISOMORPHOUS TO KNOWN PDB ENTRY 1IDN
開始モデル: CD11B I DOMAIN METAL FREE PDB ENTRY 1IDN

1idn


解像度: 2.7→10 Å / σ(F): 2
詳細: PARAMETERS FROM SIELECKI ET AL. JMB 134, 781-804 1979
Rfactor反射数%反射
Rwork0.181 --
obs0.181 9414 60.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 14.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3059 0 2 125 3186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0350.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.6771.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.193
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.0282
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.7724
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0130.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2140.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1960.4
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2390.4
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2410.4
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.33
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor10.75
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor23.910
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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