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- PDB-1bhm: RESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI COMPLEX WITH DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bhm
タイトルRESTRICTION ENDONUCLEASE BAMHI COMPLEX WITH DNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')
  • PROTEIN (BAMHI (E.C.3.1.21.4))
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE / COMPLEX (ENDONUCLEASE-DNA) / NUCLEASE / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, BamHI / Restriction endonuclease BamHI / Restriction endonuclease, type II, BamHI/BglIII/BstY / Restriction Endonuclease - #20 / Restriction Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme BamHI
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Aggarwal, A.K. / Newman, M.
引用ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Structure of Bam HI endonuclease bound to DNA: partial folding and unfolding on DNA binding.
著者: Newman, M. / Strzelecka, T. / Dorner, L.F. / Schildkraut, I. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録1995年7月12日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01995年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')
A: PROTEIN (BAMHI (E.C.3.1.21.4))
B: PROTEIN (BAMHI (E.C.3.1.21.4))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5274
ポリマ－56,5274
非ポリマー00
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.800, 81.900, 68.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO BAMHI MONOMERS (CHAINS A AND B) BOUND TO A PALINDROMIC 12 BASE PAIR DNA COMPLEX.

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*GP*GP*AP*TP*CP*CP*AP*TP*A)-3')


分子量: 3661.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PROTEIN (BAMHI (E.C.3.1.21.4)) / R. BAMHI


分子量: 24602.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
参照: UniProt: P23940, type II site-specific deoxyribonuclease
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.41 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP / Temp details: ROOM TEMPERATURE
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2GLYCEROL11
3PEG 800011
4K PHOSPHATE11
5DTT11
6KCL11
7BIS-TRIS-PROPANE_HCL11
8EDTA11
9NACL11
10WATER12
11PEG 800012
12GLYCEROL12
13KCL12
結晶化
*PLUS
詳細: Strzelecka, T., (1994) J. Mol. Biol, 239, 430.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.23 mMBamHI1drop
20.46 mMDNA1drop
33 %glycerol1drop
46.1 mM1dropKPO4
50.3 mM1drop
60.15 M1dropKCl
73.9 mMTris-HCl1drop
80.4 mM1drop
93.9 mM1dropNaCl
1012 %PEG80001drop
112 %glycerol1drop
1212 %PEG80001reservoir
130.15 M1reservoirKCl
145 %glycerol1reservoir

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 30078 / % possible obs: 94.2 %
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 94.2 % / Num. measured all: 103881 / Rmerge(I) obs: 0.118

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解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 2
詳細: THE 3' ADENINE RESIDUE ON ONE OF THE DNA STRANDS IS DISORDERED.
Rfactor反射数
obs0.189 28405
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3208 465 0 215 3888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.8
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: t_angle_deg / Dev ideal: 2.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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