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- PDB-1bhe: POLYGALACTURONASE FROM ERWINIA CAROTOVORA SSP. CAROTOVORA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bhe
タイトルPOLYGALACTURONASE FROM ERWINIA CAROTOVORA SSP. CAROTOVORA
要素POLYGALACTURONASE
キーワードGLYCOSIDASE / FAMILY 28 GLYCOSYL HYDROLASE / HYDROLYSES POLYGALACTURONIC ACID
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-polygalacturonase / polygalacturonase activity / cell wall organization / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Polygalacturonase active site. / Glycoside hydrolase, family 28 / Glycosyl hydrolases family 28 / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-polygalacturonase
類似検索 - 構成要素
生物種Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pickersgill, R. / Smith, D. / Worboys, K. / Jenkins, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of polygalacturonase from Erwinia carotovora ssp. carotovora.
著者: Pickersgill, R. / Smith, D. / Worboys, K. / Jenkins, J.
履歴
登録1998年6月5日処理サイト: BNL
改定 1.01998年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYGALACTURONASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1351
ポリマ－40,1351
非ポリマー00
水5,314295
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.229, 53.033, 103.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 POLYGALACTURONASE / PEHA


分子量: 40135.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum (バクテリア)
生物種: Pectobacterium carotovorum / 株: subsp. carotovorum
解説: SEE H. HEMILA, R. PAKKANEN, R. HEIKINHEIMO, E. TAPIO PALVA & I. PALVA (1992) GENE 116, 27-33
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: P26509, endo-polygalacturonase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 %
結晶化pH: 6.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 18% PEG 8000, 0.1M SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, 0.2M MAGNESIUM ACETATE.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
118 %PEG60001reservoir
20.2 Mmagnesium acetate1reservoir
30.1 Msodium cacodylate1reservoir
45 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 31103 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Mean I/σ(I) obs: 9 / % possible all: 95
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.2 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
REFMAC精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→12.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE DENSITY AND STEREOCHEMISTRY FOR ASP 129 ARE POOR.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1567 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs-30997 96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→12.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2813 0 0 295 3108
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0050.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0210.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0190.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.6962
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.1373
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it0.8292
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.3523
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0170.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0710.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.180.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.220.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1930.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.47
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor4320
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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