PDB-1bh4: CIRCULIN A FROM CHASSALIA PARVIFLORA, NMR, 12 STRUCTURES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1bh4

タイトル

CIRCULIN A FROM CHASSALIA PARVIFLORA, NMR, 12 STRUCTURES

要素

CIRCULIN A

キーワード

CYCLIC PEPTIDE / CYSTINE KNOT / ANTI-HIV ACTIVITY

機能・相同性

Cyclotide, bracelet, conserved site / Cyclotides bracelet subfamily signature. / Cyclotides profile. / Cyclotide / Cyclotide superfamily / Cyclotide family / defense response to bacterium / CIRCULIN A / Circulin-A

機能・相同性情報

生物種

Chassalia parviflora (植物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Daly, N.L. / Koltay, A. / Craik, D.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Solution structure by NMR of circulin A: a macrocyclic knotted peptide having anti-HIV activity.
著者: Daly, N.L. / Koltay, A. / Gustafson, K.R. / Boyd, M.R. / Casas-Finet, J.R. / Craik, D.J.

履歴

登録	1998年6月12日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1999年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年8月12日	Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status ...atom_site / pdbx_database_status / pdbx_molecule_features / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conf / struct_conn Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_database_status.process_site / _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1bh4.cif.gz	102.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1bh4.ent.gz	87.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1bh4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1bh4_validation.pdf.gz	349.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1bh4_full_validation.pdf.gz	407.4 KB	表示
XML形式データ	1bh4_validation.xml.gz	7.5 KB	表示
CIF形式データ	1bh4_validation.cif.gz	11.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/1bh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/1bh4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ib9-1 1ib9-d 5z5r-d 1y29-d 1sis-d 2it8-d 2juy-d 5x36-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CIRCULIN A

3.18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	12 / 50	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	CIRCULIN A タイプ: Cyclic peptide / クラス: 抗菌剤, Antitumor / 分子量: 3178.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chassalia parviflora (植物) / 参照: UniProt: P56871, CIRCULIN A

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	COSY
1	4	1	E-COSY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 2D NMR EXPERIMENTS.

-
試料調製

詳細	内容: 10% D2O
試料状態	pH: 3.5 / 温度: 285 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker ARX500 / 製造業者: Bruker / モデル: ARX500 / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3.1	モデル構築
X-PLOR	3.1	精密化
X-PLOR	3.1	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化
X-PLOR	3.1		構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 12

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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