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- PDB-1bfi: SOLUTION STRUCTURE OF THE C-TERMINAL SH2 DOMAIN OF THE P85ALPHA R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bfi
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE C-TERMINAL SH2 DOMAIN OF THE P85ALPHA REGULATORY SUBUNIT OF PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE, NMR, 30 STRUCTURES
要素P85 ALPHA
キーワードSH2 DOMAIN / P85ALPHA / PI 3-KINASE / C TERMINAL SH2 DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOC GTPase cycle / PI3K events in ERBB4 signaling / Interleukin-7 signaling / GAB1 signalosome / PI3K events in ERBB2 signaling / MET activates PI3K/AKT signaling / CDC42 GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle ...RHOC GTPase cycle / PI3K events in ERBB4 signaling / Interleukin-7 signaling / GAB1 signalosome / PI3K events in ERBB2 signaling / MET activates PI3K/AKT signaling / CDC42 GTPase cycle / RHOD GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / FLT3 Signaling / RND2 GTPase cycle / RND1 GTPase cycle / IRS-mediated signalling / GPVI-mediated activation cascade / Signaling by SCF-KIT / Downstream signal transduction / PI3K/AKT activation / Signaling by ALK / Role of phospholipids in phagocytosis / Tie2 Signaling / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Costimulation by the CD28 family / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / RAC1 GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / Interleukin receptor SHC signaling / RND3 GTPase cycle / PI-3K cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR4 / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / PI3K Cascade / PIP3 activates AKT signaling / GP1b-IX-V activation signalling / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / RHOA GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / DAP12 signaling / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / Regulation of signaling by CBL / Downstream TCR signaling / RHOG GTPase cycle / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / VEGFA-VEGFR2 Pathway / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / ErbB-3 class receptor binding / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / phosphatidylinositol 3-kinase complex / enzyme-substrate adaptor activity / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (q) signalling events / intracellular glucose homeostasis / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / insulin receptor substrate binding / phosphatidylinositol 3-kinase binding / insulin-like growth factor receptor binding / response to endoplasmic reticulum stress / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of RNA splicing / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of D-glucose import / positive regulation of protein localization to plasma membrane / insulin receptor binding / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of protein import into nucleus / protein transport / insulin receptor signaling pathway / protein stabilization / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases ...Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Siegal, G. / Davis, B. / Kristensen, S.M. / Sankar, A. / Linacre, J. / Stein, R.C. / Panayotou, G. / Waterfield, M.D. / Driscoll, P.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Solution structure of the C-terminal SH2 domain of the p85 alpha regulatory subunit of phosphoinositide 3-kinase.
著者: Siegal, G. / Davis, B. / Kristensen, S.M. / Sankar, A. / Linacre, J. / Stein, R.C. / Panayotou, G. / Waterfield, M.D. / Driscoll, P.C.
履歴
登録1997年11月18日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P85 ALPHA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7461
ポリマ－12,7461
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 100NO NOE VIOLATION > 0.3A, NO DIHEDRAL VIOLATION > 3.0
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 P85 ALPHA / PHOSPHATIDYLINOSITOL 3-KINASE REGULATORY ALPHA SUBUNIT / PI3-KINASE P85-ALPHA SUBUNIT


分子量: 12746.247 Da / 分子数: 1 / 断片: C TERMINAL SH2 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 細胞株: BL21 / 器官: BRAIN / プラスミド: BL21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P23727

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: VARIOUS

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試料調製

試料状態イオン強度: 50 mM / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 290 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.84モデル構築
X-PLOR3.84精密化
X-PLOR3.84位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.84BRUNGER精密化
XPLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 30 CONFORMERS WERE DETERMINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS/SIMULATED ANNEALING METHOD USING THE PROGRAM X-PLOR 3.84. THE STRUCTURES ARE BASED ON 1908 INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS ...詳細: 30 CONFORMERS WERE DETERMINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS/SIMULATED ANNEALING METHOD USING THE PROGRAM X-PLOR 3.84. THE STRUCTURES ARE BASED ON 1908 INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM NOE MEASUREMENTS; 88 HYDROGEN-BONDING DISTANCE RESTRAINTS FOR 44 HYDROGEN-BONDS IDENTIFIED ON THE BASIS OF THE NOE AND AMIDE PROTON EXCHANGE DATA; 25 TORSION ANGLE RESTRAINTS DERIVED FROM COUPLING CONSTANTS AND NOE DATA. THE RMS DISTRIBUTION ABOUT THE MEAN COORDINATE POSITIONS IS 0.57 ANGSTROMS FOR ALL BACKBONE ATOMS AND 1.12 ANGSTROMS FOR ALL ATOMS. THE AVERAGE STRUCTURE WAS THEN CALCULATED BY BEST FIT SUPERPOSITION, COORDINATE AVERAGING AND RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO NOE VIOLATION > 0.3A, NO DIHEDRAL VIOLATION > 3.0
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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