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- PDB-1bea: BIFUNCTIONAL HAGEMAN FACTOR/AMYLASE INHIBITOR FROM MAIZE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bea
タイトルBIFUNCTIONAL HAGEMAN FACTOR/AMYLASE INHIBITOR FROM MAIZE
要素BIFUNCTIONAL AMYLASE/SERINE PROTEASE INHIBITOR
キーワードSERINE PROTEASE INHIBITOR / AMYLASE/PROTEASE BIFUNCTIONAL INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cereal seed allergen/trypsin and alpha-amylase inhibitor, conserved site / Cereal trypsin/alpha-amylase inhibitors family signature. / Cereal seed allergen/grain softness/trypsin and alpha-amylase inhibitor / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Trypsin/factor XIIA inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / MIR/MOLECULAR REPLACEMENT / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Behnke, C.A. / Yee, V.C. / Le Trong, I. / Pedersen, L.C. / Stenkamp, R.E. / Kim, S.S. / Reeck, G.R. / Teller, D.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Structural determinants of the bifunctional corn Hageman factor inhibitor: x-ray crystal structure at 1.95 A resolution.
著者: Behnke, C.A. / Yee, V.C. / Trong, I.L. / Pedersen, L.C. / Stenkamp, R.E. / Kim, S.S. / Reeck, G.R. / Teller, D.C.
履歴
登録1998年5月13日処理サイト: BNL
改定 1.01998年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BIFUNCTIONAL AMYLASE/SERINE PROTEASE INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5921
ポリマ－13,5921
非ポリマー00
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.120, 57.120, 80.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 BIFUNCTIONAL AMYLASE/SERINE PROTEASE INHIBITOR


分子量: 13591.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 器官: SEED / 参照: UniProt: P01088
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE PDB ENTRY NUMBERING REFLECTS THE MATURE PROTEIN SEQUENCE. ADDITIONAL RESIDUES FROM EXPRESSION ...THE PDB ENTRY NUMBERING REFLECTS THE MATURE PROTEIN SEQUENCE. ADDITIONAL RESIDUES FROM EXPRESSION SYSTEM NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 7.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30% PEG-400, 100 MM HEPES PH 7.5, 0.2 M MGCL2. CRYSTAL WAS SOAKED IN 0.1 M SODIUM ACETATE, 30% PEG-400, 0.2 M MGCL2, PH 5.8 PRIOR TO DATA COLLECTION.
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
125 mg/mlprotein1drop
230 %PEG4001reservoir
30.2 M1reservoirMgCl2
40.1 MHEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年5月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→45 Å / Num. obs: 9031 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 19.4 Å2
反射 シェル解像度: 1.94→1.97 Å / % possible all: 65.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROCESSデータ収集
PROCESSデータ削減
EPMR位相決定
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
PROCESSデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: MIR/MOLECULAR REPLACEMENT
開始モデル: PDB ENTRY 1BIP

1bip


解像度: 1.95→45 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 928 10.3 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.195 9030 82 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1361 0 0 96 1457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.12
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.411.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.942
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.612
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it8.442.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.047 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.44 86 10.6 %
Rwork0.386 722 -
obs--45.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.2
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.12
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.44

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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