PDB-1bd1: CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF ONE TURN OF G/C-RICH B-DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1bd1

タイトル

CRYSTALLOGRAPHIC STUDY OF ONE TURN OF G/C-RICH B-DNA

要素

DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*CP*CP*TP*GP*G)-3')

キーワード

DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX

機能・相同性

TRIETHYLAMMONIUM ION / DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Heinemann, U.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystallographic study of one turn of G/C-rich B-DNA.
著者: Heinemann, U. / Alings, C.

履歴

登録	1989年8月16日	登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
改定 1.0	1990年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1bd1.cif.gz	17.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1bd1.ent.gz	9.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1bd1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/1bd1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/1bd1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1d60-d 3u89-1 1ax6-d 4r4d-2 3ggk-1 4r4d-1 3ixn-d 1zf7-d 2neo-d 309d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*CP*CP*TP*GP*G)-3')

ヘテロ分子

3.25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*CP*CP*TP*GP*G)-3')

ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*CP*CP*TP*GP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
6.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.150, 25.490, 34.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.71, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-40- HOH

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPCPAPGPGPCPCPTPGPG)-3') 分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-TEA / TRIETHYLAMMONIUM ION 分子量: 102.198 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₆N
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.21 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: microdialysis / 詳細: MICRODIALYSIS, temperature 277.00K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	ISOPROPANOL OR MPD	1	1
3	BIS-TRIS-PROPANE_HCL	1	1
4	MGCL2	1	1
5	ISOPROPANOL OR MPD	1	1

-
データ収集

回折	Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE
放射光源	由来: SEALED TUBE
検出器	検出器: DIFFRACTOMETER
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 1.4 Å / Num. obs: 3062
反射	PLUS 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 1.6 Å / R_merge(I) obs*: 0.038

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

解像度: 1.6→10 Å / σ(F): 3 /

	R_factor	反射数
obs	0.16	2106

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
TWO (C2H5)3NH+	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	202	10	41	253

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	n_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	n_planar_d
X-RAY DIFFRACTION	n_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_it	3.43	5
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_angle_it	4.39	7.5
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_it	3.75	7.5
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_angle_it	3.62	7.5
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_dihedral_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_impr_tor
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_d	0.014	0.025
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_angle_d	0.043	0.05
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_d	0.05	0.05
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_angle_d	0.073	0.075
X-RAY DIFFRACTION	n_plane_restr	0.025	0.03
X-RAY DIFFRACTION	n_chiral_restr	0.066	0.1
X-RAY DIFFRACTION	n_singtor_nbd	0.128	0.25
X-RAY DIFFRACTION	n_multtor_nbd	0.232	0.25
X-RAY DIFFRACTION	n_xhyhbond_nbd

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 3 / R_factor obs: 0.16

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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