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- PDB-1bbg: RAGWEED POLLEN ALLERGEN FROM AMBROSIA TRIFIDA V, NMR, MINIMIZED A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bbg
タイトルRAGWEED POLLEN ALLERGEN FROM AMBROSIA TRIFIDA V, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素POLLEN ALLERGEN 5
キーワードALLERGEN / PROTEIN ALLERGEN / SMALL HIGHLY DISULFIDE BONDED
機能・相同性Amb V Allergen / Amb V Allergen / Amb V Allergen superfamily / Ragweed group 5 pollen allergen / Amb V Allergen / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Pollen allergen Amb t 5
機能・相同性情報
生物種Ambrosia trifida (オオブタクサ)
手法溶液NMR / ITERATIVE SIMULATED ANNEALING
データ登録者Warren, G.L. / Tuner, C.J. / Petsko, G.A. / Brunger, A.T.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: A Highly Precise Solution 1H NMR Structure of Ragweed Allergen Amb. T. V
著者: Warren, G.L. / Turner, C.J. / Petsko, G.A. / Brunger, A.T.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Determination of the Three-Dimensional Solution Structure of Ragweed Allergen Amb T V by Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy
著者: Metzler, W.J. / Valentine, K. / Roebber, M. / Friedrichs, M.S. / Marsh, D.G. / Mueller, L.
#2: ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1985
タイトル: Ra5G, a Homologue of Ra5 in Giant Ragweed Pollen: Isolation, Hla-Dr-Associated Activity and Amino Acid Sequence
著者: Goodfriend, L. / Choudhury, A.M. / Klapper, D.G. / Coulter, K.M. / Dorval, G. / Del Carpio, J. / Osterland, C.K.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1985
タイトル: 500-Mhz 1H NMR Studies of Ragweed Allergen Ra5
著者: Vidusek, D.A. / Roberts, M.F. / Goodfriend, L.
履歴
登録1998年4月24日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLLEN ALLERGEN 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3261
ポリマ－4,3261
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 30BONDS RMS < 0.01, ANGLE RMS < 1.0, IMPROPER RMS < 1.0, 0 NOE VIOL > 0.5, 0 DIHEDRAL VIOL > 5.0
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド POLLEN ALLERGEN 5


分子量: 4325.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: POLLEN / 由来: (天然) Ambrosia trifida (オオブタクサ) / 参照: UniProt: P10414
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121DQFCOSY
131PCOSY
141PECOSY
151TOCSY
1613DNOESY-TOCSY
1713DTOCSY-NOESY
NMR実験の詳細Text: THIS IS A MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE. THE STRUCTURE WAS DETERMINING USING HOMONUCLEAR 2- AND 3-D NMR SPECTROSCOPY

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試料調製

試料状態pH: 4 / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Home-built home builtHome-builthome built501.91
Home-built home builtHome-builthome built591.12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.3精密化
CNS0.3位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS0.3BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE-KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ,RICE,SIMONSON,WARREN精密化
MSI FELIXFELIX構造決定
NMRCompass構造決定
精密化手法: ITERATIVE SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE MANUSCRIPT SUBMITTED TO JMB ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: BONDS RMS < 0.01, ANGLE RMS < 1.0, IMPROPER RMS < 1.0, 0 NOE VIOL > 0.5, 0 DIHEDRAL VIOL > 5.0
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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