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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bbc | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN RHEUMATOID ARTHRITIC SYNOVIAL FLUID PHOSPHOLIPASE A2 AT 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | PHOSPHOLIPASE A2ホスホリパーゼA2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / CARBOXYLIC ESTER HYDROLASE (カルボキシルエステラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of neutrophil activation / phosphatidylethanolamine metabolic process / phosphatidic acid metabolic process / Acyl chain remodelling of PG / intestinal stem cell homeostasis / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA ...regulation of neutrophil activation / phosphatidylethanolamine metabolic process / phosphatidic acid metabolic process / Acyl chain remodelling of PG / intestinal stem cell homeostasis / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / Synthesis of PA / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / phosphatidylcholine metabolic process / phospholipase A2 activity / calcium-dependent phospholipase A2 activity / low-density lipoprotein particle remodeling / ホスホリパーゼA2 / 抗微生物ペプチド / arachidonic acid secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / 分泌 / phospholipid binding / positive regulation of inflammatory response / killing of cells of another organism / mitochondrial outer membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / defense response to Gram-positive bacterium / 炎症 / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / 小胞体 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Wery, J.-P. / Schevitz, R.W. / Clawson, D.K. / Bobbitt, J.L. / Dow, E.R. / Gamboa, G. / Goodsonjunior, T. / Hermann, R.B. / Kramer, R.M. / Mcclure, D.B. ...Wery, J.-P. / Schevitz, R.W. / Clawson, D.K. / Bobbitt, J.L. / Dow, E.R. / Gamboa, G. / Goodsonjunior, T. / Hermann, R.B. / Kramer, R.M. / Mcclure, D.B. / Mihelich, E.D. / Putnam, J.E. / Sharp, J.D. / Stark, D.H. / Teater, C. / Warrick, M.W. / Jones, N.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1991 タイトル: Structure of recombinant human rheumatoid arthritic synovial fluid phospholipase A2 at 2.2 A resolution. 著者: Wery, J.P. / Schevitz, R.W. / Clawson, D.K. / Bobbitt, J.L. / Dow, E.R. / Gamboa, G. / Goodson Jr., T. / Hermann, R.B. / Kramer, R.M. / McClure, D.B. / Mihelich, E.D. / Putnam, J.E. / Sharp, ...著者: Wery, J.P. / Schevitz, R.W. / Clawson, D.K. / Bobbitt, J.L. / Dow, E.R. / Gamboa, G. / Goodson Jr., T. / Hermann, R.B. / Kramer, R.M. / McClure, D.B. / Mihelich, E.D. / Putnam, J.E. / Sharp, J.D. / Stark, D.H. / Teater, C. / Warrick, M.W. / Jones, N.D. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989 タイトル: Structure and Properties of a Human Non-Pancreatic Phospholipase A2 著者: Kramer, R.M. / Hession, C. / Johansen, B. / Hayes, G. / Mcgray, P. / Chow, E.P. / Tizard, R. / Pepinsky, R.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bbc.cif.gz | 34 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bbc.ent.gz | 25.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bbc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/1bbc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/1bbc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13945.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14555, ホスホリパーゼA2 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.98 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.063 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→6 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection all: 4114 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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