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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bb3 | ||||||
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タイトル | HUMAN LYSOZYME MUTANT A96L | ||||||
要素 | LYSOZYME | ||||||
キーワード | HYDROLASE / LYSOZYME / GLYCOSIDASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antimicrobial humoral response / Antimicrobial peptides / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...antimicrobial humoral response / Antimicrobial peptides / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / inflammatory response / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Headley, A.G. / Roe, S.M. / Pearl, L.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bb3.cif.gz | 64.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bb3.ent.gz | 51.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bb3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/1bb3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/1bb3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1lz1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14762.773 Da / 分子数: 2 / 変異: A96L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P61626, lysozyme #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 % |
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結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: X-RAY RESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月22日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→30 Å / Num. obs: 30141 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.82 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.026 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 89.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1LZ1 解像度: 1.8→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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