+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bap | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | A PRO TO GLY MUTATION IN THE HINGE OF THE ARABINOSE-BINDING PROTEIN ENHANCES BINDING AND ALTERS SPECIFICITY: SUGAR-BINDING AND CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES | |||||||||
![]() | L-ARABINOSE-BINDING PROTEIN | |||||||||
![]() | BINDING PROTEINS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() L-arabinose transmembrane transport / ABC-type monosaccharide transporter activity / monosaccharide binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / carbohydrate binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Vermersch, P.S. / Tesmer, J.J.G. / Quiocho, F.A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A Pro to Gly mutation in the hinge of the arabinose-binding protein enhances binding and alters specificity. Sugar-binding and crystallographic studies. 著者: Vermersch, P.S. / Tesmer, J.J. / Lemon, D.D. / Quiocho, F.A. #1: ![]() タイトル: Substrate Specificity and Affinity of a Protein Modulated by Bound Water Molecules 著者: Quiocho, F.A. / Wilson, D.K. / Vyas, N.K. #2: ![]() タイトル: Novel Stereospecificity of the L-Arabinose-Binding Protein 著者: Quiocho, F.A. / Vyas, N.K. #3: ![]() タイトル: Hinge-Bending in L-Arabinose-Binding Protein. The "Venus'S-Flytrap" Model 著者: Mao, B. / Pear, M.R. / Mccammon, J.A. / Quiocho, F.A. #4: ![]() タイトル: Structure of the L-Arabinose-Binding Protein from Escherichia Coli at 2.4 Angstroms Resolution 著者: Gilliland, G.L. / Quiocho, F.A. #5: ![]() タイトル: L-Arabinose-Binding Protein-Sugar Complex at 2.4 Angstroms Resolution. Stereochemistry and Evidence for a Structural Change 著者: Newcomer, M.E. / Gilliand, G.L. / Quiocho, F.A. #6: ![]() タイトル: The Radius of Gyration of L-Arabinose-Binding Protein Decreases Upon Binding of Ligand 著者: Newcomer, M.E. / Lewis, B.A. / Quiocho, F.A. #7: ![]() タイトル: The Thiol Group of the L-Arabinose-Binding Protein. Chromophoric Labeling and Chemical Identification of the Sugar-Binding Site 著者: Miller /III, D.M. / Newcomer, M.E. / Quiocho, F.A. #8: ![]() タイトル: Location of the Sugar-Binding Site of L-Arabinose-Binding Protein. Sugar Derivative Syntheses, Sugar Binding Specificity, and Difference Fourier Analyses 著者: Newcomer, M.E. / Miller /III, D.M. / Quiocho, F.A. #9: ![]() タイトル: The 2.8-Angstroms Resolution Structure of the L-Arabinose-Binding Protein from Escherichia Coli 著者: Quiocho, F.A. / Gilliland, G.L. / Phillips Jr., G.N. #10: ![]() タイトル: Structure of L-Arabinose-Binding Protein from Escherichia Coli at 5 Angstroms Resolution and Preliminary Results at 3.5 Angstroms 著者: Phillips Jr., G.N. / Mahajan, V.K. / Siu, A.K.Q. / Quiocho, F.A. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 55 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 399.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 402.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Atom site foot note | 1: SEE REMARK 5. |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33210.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
---|---|
#2: 糖 | ChemComp-ARA / |
#3: 糖 | ChemComp-ARB / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
構成要素の詳細 | SINCE IT HAS BEEN SHOWN THAT ABP CAN BIND EITHER ALPHA OR BETA ANOMERS OF L-ARABINOSE WITH ALMOST ...SINCE IT HAS BEEN SHOWN THAT ABP CAN BIND EITHER ALPHA OR BETA ANOMERS OF L-ARABINOSE WITH ALMOST EQUAL AFFINITY, BOTH ARE PROVIDED IN THE SAME SITE. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.75 Å / Num. obs: 27649 / % possible obs: 87 % / Num. measured all: 69513 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.75→8 Å /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(I): 2 / Rfactor obs: 0.203 / Num. reflection obs: 27480 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |