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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bag | |||||||||
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タイトル | ALPHA-AMYLASE FROM BACILLUS SUBTILIS COMPLEXED WITH MALTOPENTAOSE | |||||||||
![]() | ALPHA-1,4-GLUCAN-4-GLUCANOHYDROLASE | |||||||||
![]() | ALPHA-AMYLASE / BACILLUS SUBTILIS / MALTOPENTAOSE / CATALYTIC-SITE MUTANT | |||||||||
機能・相同性 | ![]() alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Fujimoto, Z. / Mizuno, H. / Takase, K. / Doui, N. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a catalytic-site mutant alpha-amylase from Bacillus subtilis complexed with maltopentaose. 著者: Fujimoto, Z. / Takase, K. / Doui, N. / Momma, M. / Matsumoto, T. / Mizuno, H. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies of Wild Type and Catalytic-Site Mutant Alpha-Amylase from Bacillus Subtilis 著者: Mizuno, H. / Morimoto, Y. / Tsukihara, T. / Matsumoto, T. / Takase, K. #2: ![]() タイトル: Site-Directed Mutagenesis of Active Site Residues in Bacillus Subtilis Alpha-Amylase 著者: Takase, K. / Matsumoto, T. / Mizuno, H. / Yamane, K. #3: ![]() タイトル: Changes in the Properties and Molecular Weights of Bacillus Subtilis M-Type and N-Type Alpha-Amylases Resulting from a Spontaneous Deletion 著者: Yamane, K. / Hirata, Y. / Furusato, T. / Yamazaki, H. / Nakayama, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 100.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 75.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 440.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47067.309 Da / 分子数: 1 / 変異: E208Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH MALTOPENTAOSE / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 10% PEG 3350, 3.5 MM CALCIUM CHLORIDE, 10 MM TRIS/HCL, PH 7.5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→100 Å / Num. obs: 19373 / % possible obs: 80.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 44 |
反射 | *PLUS Num. obs: 18097 / Num. measured all: 56354 / Rmerge(I) obs: 0.067 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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