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- PDB-1b8t: SOLUTION STRUCTURE OF THE CHICKEN CRP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b8t
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE CHICKEN CRP1
要素PROTEIN (CRP1)
キーワードCONTRACTILE / LIM DOMAIN / CRP / MUSCLE DIFFERENTIATION
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle tissue development / actinin binding / structural constituent of muscle / sarcomere organization / cell leading edge / alpha-actinin binding / stress fiber / phosphoprotein binding / Z disc / focal adhesion ...muscle tissue development / actinin binding / structural constituent of muscle / sarcomere organization / cell leading edge / alpha-actinin binding / stress fiber / phosphoprotein binding / Z disc / focal adhesion / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cysteine Rich Protein / Cysteine Rich Protein / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine and glycine-rich protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法溶液NMR / DYANA
データ登録者Yao, X. / Perez-Alvarado, G.C. / Louis, H.A. / Pomies, P. / Hatt, C. / Summers, M.F. / Beckerle, M.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Solution structure of the chicken cysteine-rich protein, CRP1, a double-LIM protein implicated in muscle differentiation.
著者: Yao, X. / Perez-Alvarado, G.C. / Louis, H.A. / Pomies, P. / Hatt, C. / Summers, M.F. / Beckerle, M.C.
履歴
登録1999年2月2日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_ensemble ...database_2 / pdbx_nmr_ensemble / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_ensemble.conformer_selection_criteria / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CRP1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6105
ポリマ－20,3481
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)37 / 37structures with the least restraint violations
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CRP1)


分子量: 20348.316 Da / 分子数: 1 / 断片: LIM-DOMAIN PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: MUSCLE / プラスミド: PET5 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P67966
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HSQC
121NOESY
131COSY
141TOCSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR DATA ON THE TWO INDIVIDUAL DOMAINS OF CRP1 AND N15-EDITED NOESY AND TOCSY DATA ON N15-LABELED CRP1.

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試料調製

試料状態pH: 7.2 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: GE OMEGA PSG / 製造業者: GE / モデル: OMEGA PSG / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
DYANAGuntert, Braun and Wuthrich精密化
NMRViewJohnson, One Moon Scientificstructure calculation
精密化手法: DYANA / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 37 / 登録したコンフォーマーの数: 37

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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