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- PDB-1b7y: PHENYLALANYL TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH PHENYLALANINYL-ADENYLATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b7y
タイトルPHENYLALANYL TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH PHENYLALANINYL-ADENYLATE
要素(PROTEIN (PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE)) x 2
キーワードLIGASE / ENZYME / TRNA SYNTHETASE / ALPHA/BETA HOMODIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #10 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3 / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain ...Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 - #10 / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 3 / Phenylalanyl-trna Synthetase, Chain B, domain 3 / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain / B3/4 domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain superfamily / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Ferredoxin-fold anticodon binding (FDX-ACB) domain profile. / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain, core domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain CLM domain / B3/B4 tRNA-binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase-like, B3/B4 / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit / B3/4 domain / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Putative DNA-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / 3-Layer(bba) Sandwich / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Alpha-Beta Plaits / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-[PHENYLALANINOL-PHOSPHATE] / Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit / Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Reshetnikova, L. / Moor, N. / Lavrik, O. / Vassylyev, D.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structures of phenylalanyl-tRNA synthetase complexed with phenylalanine and a phenylalanyl-adenylate analogue.
著者: Reshetnikova, L. / Moor, N. / Lavrik, O. / Vassylyev, D.G.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: The crystal structure of phenylalanyl-tRNA synthetase from thermus thermophilus complexed with cognate tRNAPhe.
著者: Goldgur, Y. / Mosyak, L. / Reshetnikova, L. / Ankilova, V. / Lavrik, O. / Khodyreva, S. / Safro, M.
#2: ジャーナル: Nature New Biol. / 年: 1995
タイトル: Structure of Phenylalanyl-tRNA Synthetase from Thermus Thermophilus
著者: Mosyak, L. / Reshetnikova, L. / Goldgur, Y. / Delarue, M. / Safro, M.G.
履歴
登録1999年1月26日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年2月15日Group: Database references
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE)
B: PROTEIN (PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,5354
ポリマ－126,0302
非ポリマー5052
水4,306239
1
A: PROTEIN (PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE)
B: PROTEIN (PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE)
ヘテロ分子

A: PROTEIN (PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE)
B: PROTEIN (PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,0698
ポリマ－252,0604
非ポリマー1,0094
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area27750 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area80190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.500, 174.500, 140.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE) / E.C.6.1.1.20 / PHERS


分子量: 39309.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 参照: UniProt: P27001, phenylalanine-tRNA ligase
#2: タンパク質 PROTEIN (PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE) / EC 6.1.1.20 / PHERS


分子量: 86720.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 参照: UniProt: P27002, phenylalanine-tRNA ligase
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-FYA / ADENOSINE-5'-[PHENYLALANINOL-PHOSPHATE]


分子量: 480.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H25N6O7P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化温度: 313 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: HANGING-DROP TECHNIQUE AT 4O C WITH (NH4)2SO4 AS PRECIPITANT. EACH DROPLET OF THE PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE SOLUTION (10 microliters) AT PROTEIN CONCENTRATION OF 3 TO 5 MG PER ML IN 20 MM ...詳細: HANGING-DROP TECHNIQUE AT 4O C WITH (NH4)2SO4 AS PRECIPITANT. EACH DROPLET OF THE PHENYLALANYL-TRNA SYNTHETASE SOLUTION (10 microliters) AT PROTEIN CONCENTRATION OF 3 TO 5 MG PER ML IN 20 MM IMIDASOL-HCL BUFFER (PH 7.8), 1 MM MGCL2, 1 MM NAN3 AND 15% SATURATED (NH4)2SO4 IN THE SAME BUFFER. CRYSTALS APPEARED AFTER ONE TO TWO WEEKS AND GREW UP TO THE MAXIMAL DIMENSIONS OF 0.4X0.4X0.25 MM IN A FEW WEEKS, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 313K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1IMIDASOL-HCL11
2MGCL211
3NAN311
4(NH4)2SO411
5(NH4)2SO412
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 75 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.8 / 詳細: Chernaya, M., (1987) J. Mol. Biol., 198, 555.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
13-5 mg/mlprotein1drop
220 mMimidazole-HCl1drop
31 mM1dropMgCl2
41 mM1dropNaN3
515 %satammonium sulfate1drop
625-30 %satammonium sulfate1reservoir
720 mMimidazole-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 81613 / Num. obs: 81613 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 88.5
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PYS

1pys


解像度: 2.5→50 Å / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 4000 5 %RANDOM
Rwork0.23 ---
all-81613 --
obs-81613 95.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8166 0 34 239 8439
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.72
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.71.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.22
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it62
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it8.52.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 453 5 %
Rwork0.41 8892 -
obs--88.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARNAH1E.DNATOPNAH1E.DNA
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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