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万見
- PDB-1b60: 3,N4-ETHENO-2'-DEOXYCYTIDINE OPPOSITE CYTIDINE IN AN 11-MER DUPLE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b60
タイトル3,N4-ETHENO-2'-DEOXYCYTIDINE OPPOSITE CYTIDINE IN AN 11-MER DUPLEX, SOLUTION STRUCTURE FROM NMR AND MOLECULAR DYNAMICS
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*(EDC)P*CP*AP*TP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')
キーワードDNA / ETHENODC / EDC / EXOCYCLIC LESION
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS
データ登録者Cullinan, D. / Johnson, F. / De Los Santos, C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Solution structure of an 11-mer duplex containing the 3, N(4)-ethenocytosine adduct opposite 2'-deoxycytidine: implications for the recognition of exocyclic lesions by DNA glycosylases.
著者: Cullinan, D. / Johnson, F. / de los Santos, C.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Solution Structure of a DNA Duplex Containing the Exocyclic Lesion 3,N4-Etheno- 2'-Deoxycytidine Opposite 2'-Deoxyguanosine
履歴
登録1999年1月20日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年1月18日Group: Atomic model
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*(EDC)P*CP*AP*TP*GP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6922
ポリマ－6,6922
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1SEE DETAILS
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*(EDC)P*CP*AP*TP*GP*C)-3') / ETHENODC / EDC / EPSILON-DC


分子量: 3318.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*AP*TP*GP*CP*GP*TP*AP*CP*G)-3') / ETHENODC / EDC / EPSILON-DC


分子量: 3374.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131DQF-COSY
141COSY45
151TOCSY
161HETCORR
NMR実験の詳細Text: SEE DETAILS. THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 2D PROTON NMR FOLLOWED BY DISTANCE RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS, AND FURTHER REFINED USING THE FULL RELAXATION MATRIX BACK ...Text: SEE DETAILS. THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 2D PROTON NMR FOLLOWED BY DISTANCE RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS, AND FURTHER REFINED USING THE FULL RELAXATION MATRIX BACK CALCULATION APPROACH. 15 STRUCTURES EACH WERE DETERMINED FROM A- AND B-FORM DNA BY USING DIFFERENT INITIAL TEMPERATURES AND DIFFERENT LENGTHS OF TIME AT THE HIGH TEMPERATURE STAGE OF THE 30 STRUCTURES FROM DISTANCE RESTRAINED DYNAMICS, 27 HAD AN RMSD TO THEIR AVERAGE OF LESS THAN 0.4 A, SO THE AVERAGE OF THESE 27 WAS USED AS THE STARTING STRUCTURE FOR FULL RELAXATION MATRIX BACK CALCULATIONS. THE MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE FROM THIS LAST STEP IS WHAT HAS BEEN DEPOSITED.

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試料調製

試料状態pH: 6.8 / 温度: 288 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
Felix構造決定
X-PLOR構造決定
精密化手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: SEE DETAILS / 計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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