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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b4n | ||||||
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タイトル | FORMALDEHYDE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE FROM PYROCOCCUS FURIOSUS, COMPLEXED WITH GLUTARATE | ||||||
要素 | FORMALDEHYDE FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / TUNGSTOENZYME / MOCO / TUNGSTEN CONTAINING PROTEIN / HYPERTHERMOPHILE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aldehyde ferredoxin oxidoreductase activity / aldehyde ferredoxin oxidoreductase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Hu, Y.L. / Faham, S. / Roy, R. / Adams, M.W.W. / Rees, D.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Formaldehyde ferredoxin oxidoreductase from Pyrococcus furiosus: the 1.85 A resolution crystal structure and its mechanistic implications. 著者: Hu, Y. / Faham, S. / Roy, R. / Adams, M.W. / Rees, D.C. #1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1999 タイトル: Purification and Molecular Characterization of the Tungsten-Containing Formaldehyde Ferredoxin Oxidoreductase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus Furiosus: The Third of a ...タイトル: Purification and Molecular Characterization of the Tungsten-Containing Formaldehyde Ferredoxin Oxidoreductase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus Furiosus: The Third of a Putative Five-Member Tungstoenzyme Family 著者: Roy, R. / Mukund, S. / Schut, G.J. / Dunn, D.M. / Weiss, R. / Adams, M.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1b4n.cif.gz | 476.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1b4n.ent.gz | 392.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1b4n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1b4n_validation.pdf.gz | 686.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1b4n_full_validation.pdf.gz | 743.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1b4n_validation.xml.gz | 53.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1b4n_validation.cif.gz | 78.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/1b4n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/1b4n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 68860.742 Da / 分子数: 4 断片: DOMAIN 1/: 1-208, DOMAIN 2/: 209-406, DOMAIN 3/: 407-619 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: O93738, UniProt: Q8U1K3*PLUS |
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-非ポリマー , 5種, 200分子
#2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-SF4 / #4: 化合物 | ChemComp-GUA / #5: 化合物 | ChemComp-PTE / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: melting-point capillary method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月1日 |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 93705 / % possible obs: 77.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 1.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.158 / % possible all: 40.3 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 193320 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 40.3 % / Rmerge(I) obs: 0.158 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1AOR 解像度: 2.4→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 0 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.51 Å / Total num. of bins used: 8 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rwork: 0.27 |