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万見
- PDB-1b2t: SOLUTION STRUCTURE OF THE CX3C CHEMOKINE DOMAIN OF FRACTALKINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b2t
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE CX3C CHEMOKINE DOMAIN OF FRACTALKINE
要素PROTEIN (FRACTALKINE)
キーワードCHEMOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


CXCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / negative regulation of interleukin-1 alpha production / leukocyte adhesive activation / CX3C chemokine receptor binding / negative regulation of glutamate receptor signaling pathway / autocrine signaling / lymphocyte chemotaxis / synapse pruning / positive regulation of microglial cell migration ...CXCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / negative regulation of interleukin-1 alpha production / leukocyte adhesive activation / CX3C chemokine receptor binding / negative regulation of glutamate receptor signaling pathway / autocrine signaling / lymphocyte chemotaxis / synapse pruning / positive regulation of microglial cell migration / regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of microglial cell activation / negative regulation of neuron migration / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / CCR chemokine receptor binding / microglial cell proliferation / positive regulation of actin filament bundle assembly / leukocyte migration involved in inflammatory response / integrin activation / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / leukocyte chemotaxis / angiogenesis involved in wound healing / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / negative regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of cell-matrix adhesion / neuron remodeling / positive regulation of neuroblast proliferation / positive chemotaxis / chemoattractant activity / macrophage chemotaxis / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of cell-substrate adhesion / regulation of neurogenesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / neutrophil chemotaxis / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of cell migration / response to ischemia / cell chemotaxis / cell projection / microglial cell activation / defense response / cell-cell adhesion / positive regulation of neuron projection development / neuron cellular homeostasis / regulation of synaptic plasticity / integrin binding / positive regulation of inflammatory response / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / neuron projection / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / positive regulation of MAPK cascade / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CX3C chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS-SIMULATED ANNEALING, THE AMBIGUOUS RESTRAINTS FOR ITERATIVE ASSIGNMENT (ARIA) EXTENSION OF NILGES (M.NILGES, J. MOL. BIOL. 245, 645-660, 1995).
データ登録者Handel, T.M. / Mizoue, L.S. / Bazan, J.F. / Johnson, E.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Solution structure and dynamics of the CX3C chemokine domain of fractalkine and its interaction with an N-terminal fragment of CX3CR1.
著者: Mizoue, L.S. / Bazan, J.F. / Johnson, E.C. / Handel, T.M.
履歴
登録1998年12月1日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (FRACTALKINE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7861
ポリマ－8,7861
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 70LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #20

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (FRACTALKINE)


分子量: 8786.228 Da / 分子数: 1 / 断片: CHEMOKINE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DISULFIDE BETWEEN 8 AND 34 AND 12 AND 50 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P78423
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-EDITED
1213D 13C-EDITED
1314D 13C/13C-EDITED NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED PROTEIN.

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試料調製

試料状態pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 295.5 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS-SIMULATED ANNEALING, THE AMBIGUOUS RESTRAINTS FOR ITERATIVE ASSIGNMENT (ARIA) EXTENSION OF NILGES (M.NILGES, J. MOL. BIOL. 245, 645-660, 1995).
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JOURNAL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 70 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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