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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1b16 | ||||||
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タイトル | ALCOHOL DEHYDROGENASE FROM DROSOPHILA LEBANONENSIS TERNARY COMPLEX WITH NAD-3-PENTANONE | ||||||
![]() | PROTEIN (ALCOHOL DEHYDROGENASE) | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / DETOXIFICATION / METABOLISM / ALCOHOL DEHYDROGENASE / DROSOPHILA LEBANONENSIS / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES / TERNARY COMPLEX / NAD-3- PENTANONE ADDUCT | ||||||
機能・相同性 | ![]() alcohol metabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / alcohol dehydrogenase / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Benach, J. / Atrian, S. / Gonzalez-Duarte, R. / Ladenstein, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The catalytic reaction and inhibition mechanism of Drosophila alcohol dehydrogenase: observation of an enzyme-bound NAD-ketone adduct at 1.4 A resolution by X-ray crystallography. 著者: Benach, J. / Atrian, S. / Gonzalez-Duarte, R. / Ladenstein, R. #1: ![]() タイトル: The Refined Crystal Structure of Drosophila Lebanonensis Alcohol Dehydrogenase at 1.9 A Resolution 著者: Benach, J. / Atrian, S. / Gonzalez-Duarte, R. / Ladenstein, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 123.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 94.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 529.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 538.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.983274, -0.169734, 0.066045), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27823.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: NAD-3-PENTANONE / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | NAD-3-PENTANONE ADDUCT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 28% PEG 2000, 0.2 M CACL2, 0.1 M TRIS-HCL, PH= 7.5, 1MM NAD+, 1% 3-PENTANONE, 4 C. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / pH: 8.6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年11月15日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9511 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.32→15 Å / Num. obs: 103695 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 3 |
反射 シェル | 解像度: 1.32→1.43 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 94 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 262892 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1A4U 解像度: 1.4→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.17
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原子変位パラメータ | Biso mean: 13.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→8 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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