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- PDB-1b03: SOLUTION STRUCTURE OF THE ANTIBODY-BOUND HIV-1IIIB V3 PEPTIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b03
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE ANTIBODY-BOUND HIV-1IIIB V3 PEPTIDE
要素PROTEIN (P1053 PEPTIDE)
キーワードVIRAL PROTEIN / P1053 STRUCTURE
機能・相同性membrane fusion involved in viral entry into host cell / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / Envelope protein
機能・相同性情報
手法溶液NMR / HYBRID DG-SA
データ登録者Tugarinov, V. / Zvi, A. / Levy, R. / Anglister, J.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: A cis proline turn linking two beta-hairpin strands in the solution structure of an antibody-bound HIV-1IIIB V3 peptide.
著者: Tugarinov, V. / Zvi, A. / Levy, R. / Anglister, J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Conformation of the Principal Neutralizing Determinant of Human Immunodeficiency Virus Type 1 in Complex with an Anti-GP120 Virus Neutralizing Antibody Studied by Two-dimensional ...タイトル: Conformation of the Principal Neutralizing Determinant of Human Immunodeficiency Virus Type 1 in Complex with an Anti-GP120 Virus Neutralizing Antibody Studied by Two-dimensional Nuclear Magnetic Resonance Difference Spectroscopy.
著者: Zvi, A. / Feigelson, D.J. / Hayek, Y. / Anglister, J.
履歴
登録1998年11月17日処理サイト: RCSB
改定 1.01998年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (P1053 PEPTIDE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,0171
ポリマ－2,0171
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)35 / -LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド PROTEIN (P1053 PEPTIDE)


分子量: 2017.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. / 参照: UniProt: Q79428

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N
12113C FILTERED NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED IN COMPLEX WITH THE FV ANTIBODY FRAGMENT USING ISOTOPE-FILTERED AND ISOTOPE-EDITED NMR WITH EITHER THE FV OR THE PEPTIDE LABELLED WITH 15N AND 13C.

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試料調製

試料状態pH: 7.1 / 温度: 305 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: DMX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
NMRPipe構造決定
精密化手法: HYBRID DG-SA / ソフトェア番号: 1
詳細: AFTER INITIAL SIMULATED ANNEALING CALCULATIONS THE STRUCTURES WERE MINIMIZED USING A FULL L-J POTENTIAL REPRESENTATION. THE CIS PEPTIDE BOND BETWEEN GLY 12 AND PRO 13 WAS PATHED CIS IN THE ...詳細: AFTER INITIAL SIMULATED ANNEALING CALCULATIONS THE STRUCTURES WERE MINIMIZED USING A FULL L-J POTENTIAL REPRESENTATION. THE CIS PEPTIDE BOND BETWEEN GLY 12 AND PRO 13 WAS PATHED CIS IN THE PROCESS OF STRUCTURE GENERATION.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
登録したコンフォーマーの数: 35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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