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- PDB-1azl: G61V FLAVODOXIN MUTANT FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1azl
タイトルG61V FLAVODOXIN MUTANT FROM DESULFOVIBRIO VULGARIS
要素FLAVODOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / ELECTRON TRANSFER / FLAVOPROTEIN / FMN / FLAVODOXIN / MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Flavodoxin, short chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily ...Flavodoxin, short chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Flavodoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Walsh, M.A. / Mccarthy, A. / O'Farrell, P.A. / Voordouw, G. / Higgins, T. / Mayhew, S.G.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Modulation of the redox potentials of FMN in Desulfovibrio vulgaris flavodoxin: thermodynamic properties and crystal structures of glycine-61 mutants.
著者: O'Farrell, P.A. / Walsh, M.A. / McCarthy, A.A. / Higgins, T.M. / Voordouw, G. / Mayhew, S.G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Comparison of the Crystal Structures of a Flavodoxin in its Three Oxidation States at Cryogenic Temperatures
著者: Watt, W. / Tulinsky, A. / Swenson, R.P. / Watenpaugh, K.D.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Cloning,Nucleotide Sequence,and Expression of the Flavodoxin Gene from Desulfovibrio Vulgaris (Hildenborough)
著者: Krey, G.D. / Vanin, E.F. / Swenson, R.P.
#3: ジャーナル: Fems Microbiol.Lett. / 年: 1988
タイトル: Cloning and Sequencing of the Gene Encoding Flavodoxin from Desulfovibrio Vulgaris Hildenborough
著者: Curley, G.P. / Voordouw, G.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1972
タイトル: Structure of the Oxidized Form of a Flavodoxin at 2.5-Angstrom Resolution:Resolution of the Phase Ambiguity by Anomalous Scattering
著者: Watenpaugh, K.D. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H. / Legall, J. / Dubourdieu, M.
履歴
登録1997年11月18日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAVODOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2032
ポリマ－15,7461
非ポリマー4561
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.490, 88.140, 35.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 FLAVODOXIN


分子量: 15746.225 Da / 分子数: 1 / 変異: G61V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: HILDENBOROUGH / 器官: SEED / プラスミド: PDK6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG2 / 参照: UniProt: P00323
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
解説: MODEL USED WAS UNSUBMITTED REFINED FLAVODOXIN FROM DESULFOVIBRIO FLAVODOXIN, IDENTICAL TO PDB ENTRY 2FX2
結晶化手法: macroseeding / pH: 7
詳細: PROTEIN SEED CRYSTALS WERE OBTAINED FROM 60-70% AMMONIUM SULFATE, 10MM TRIS PH 7.0, 1-2% ACETONE. MACROSEEDS WERE TRANSFERRED TO THE ABOVE SOLUTION WITH NO ACETONE PRESENT., macroseeding
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11-2 %(v/v)acetone1drop
210 mMTris-HCl1drop
31 mMEDTA1drop
460-70 %ammonium sulfate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年4月1日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 12653 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 18.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 79.9
反射
*PLUS
Num. obs: 19560 / % possible obs: 98 % / Num. measured all: 87934 / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.6 % / Rmerge(I) obs: 0.441

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解析

ソフトウェア
名称分類
MERLOT位相決定
CCP4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: RECOMBINANT FLAVODOXIN

解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rwork0.175 --
all-61954 -
obs-61954 89.3 %
原子変位パラメータBiso mean: 24.5 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1106 0 31 126 1263
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0460.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0450.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3.14
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it4.25
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6.76
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it9.88
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.160.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.190.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.250.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.180.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.43
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor24.820
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: CCP4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.175
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 23.5 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.045
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.044

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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