PDB-1ay3: Nodularin from Nodularia spumigena

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ay3

タイトル

Nodularin from Nodularia spumigena

要素

PEPTIDIC TOXIN NODULARIN

キーワード

TOXIN / HEPATOTOXIN / INHIBITOR OF SER/THR-SPECIFIC PROTEIN PHOSPHATASES

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Nodularia spumigena (バクテリア)

手法

溶液NMR

データ登録者

Annila, A.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Solution structure of nodularin. An inhibitor of serine/threonine-specific protein phosphatases.
著者: Annila, A. / Lehtimaki, J. / Mattila, K. / Eriksson, J.E. / Sivonen, K. / Rantala, T.T. / Drakenberg, T.

履歴

登録	1997年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	1999年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月26日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年7月27日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy
改定 1.4	2019年2月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn Item: _pdbx_entry_details.compound_details / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ay3.cif.gz	59.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ay3.ent.gz	39.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ay3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ay3_validation.pdf.gz	329.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ay3_full_validation.pdf.gz	416 KB	表示
XML形式データ	1ay3_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	1ay3_validation.cif.gz	10.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/1ay3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/1ay3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7m2b-d 2ih7-d 1ao2-d 1n09-d 1n0c-d 6ufu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PEPTIDIC TOXIN NODULARIN

844 Da, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	27 / 100	RESTRAINT VIOLATIONS
代表モデル	モデル #22	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	PEPTIDIC TOXIN NODULARIN 分子量: 843.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: TOXIN IS CYCLIC PEPTIDE WITH SEQUENCE 2AS-ARG-MFD-GLU-MDH. ALL PEPTIDIC BONDS ARE NON-STANDARD 由来: (天然) Nodularia spumigena (バクテリア) / 株: BY1 / 参照: NOR: NOR00279
構成要素の詳細	THE SEQUENCE OF NODULARIN MATCHES TO THE SEQUENCE OF NOR00279 IN NORINE DATABASE, EXCEPT THAT THE ...THE SEQUENCE OF NODULARIN MATCHES TO THE SEQUENCE OF NOR00279 IN NORINE DATABASE, EXCEPT THAT THE STEREO CHEMISTRY OF RESIDUE MFD IS DIFFERENT FROM THAT OF THE CORRESPONDING RESIDUE 1ZN AS INDICATED AS ADDA IN NOR00279 SEQUENCE.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	COSY
1	3	1	TOCSY
1	4	1	ROESY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TWO-DIMENSIONAL NMR SPECTROSCOPY ON NON-LABELED NODULARIN

-
試料調製

試料状態	pH: 4.7 / 圧: ambient / 温度: 274 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
IRMA		BOELENS	精密化
FELIXREMARK 210 METHOD	METHOD		構造決定

精密化

ソフトェア番号: 1 / 詳細: ITERATIVE RELAXATION MATRIX ANALYSIS T_C = 1.0 NS

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: RESTRAINT VIOLATIONS / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 27

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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