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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1axh | ||||||
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タイトル | ATRACOTOXIN-HVI FROM HADRONYCHE VERSUTA (AUSTRALIAN FUNNEL-WEB SPIDER, NMR, 20 STRUCTURES | ||||||
要素 | ATRACOTOXIN-HVI | ||||||
キーワード | NEUROTOXIN / INSECTICIDAL TOXIN / CYSTINE KNOT / FUNNEL-WEB | ||||||
機能・相同性 | Omega-atracotoxin / Omega-atracotoxin, conserved site / Omega-atracotoxin / Omega-atracotoxin (ACTX) type 1 family signature. / calcium channel inhibitor activity / defense response / toxin activity / extracellular region / Omega-hexatoxin-Hv1a 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Hadronyche versuta (クモ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING | ||||||
データ登録者 | Fletcher, J.I. / O'Donoghue, S.I. / Nilges, M. / King, G.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997 タイトル: The structure of a novel insecticidal neurotoxin, omega-atracotoxin-HV1, from the venom of an Australian funnel web spider. 著者: Fletcher, J.I. / Smith, R. / O'Donoghue, S.I. / Nilges, M. / Connor, M. / Howden, M.E. / Christie, M.J. / King, G.F. #1: ジャーナル: Patent / 年: 1993 タイトル: Insecticidal Toxins Derived from Funnel Web (Atrax or Hadronyche) Spiders 著者: Atkinson, R.K. / Tyler, M.I. / Vonarx, E.J. / Howden, M.E.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1axh.cif.gz | 204.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1axh.ent.gz | 178.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1axh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1axh_validation.pdf.gz | 348.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1axh_full_validation.pdf.gz | 477.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1axh_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1axh_validation.cif.gz | 25.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/1axh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/1axh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4058.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hadronyche versuta (クモ) / 参照: UniProt: P56207 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
試料状態 | pH: 3.6 / 温度: 298 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX600 / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: DISTANCE GEOMETRY, DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1 詳細: INITIAL STRUCTURES (5000) WERE CALCULATED USING THE DISTANCE GEOMETRY PROGRAMME DIANA, USING A SINGLE CYCLE OF REDUNDANT DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS [GUNTERT, P. AND WUTHRICH, K. (1991) J. ...詳細: INITIAL STRUCTURES (5000) WERE CALCULATED USING THE DISTANCE GEOMETRY PROGRAMME DIANA, USING A SINGLE CYCLE OF REDUNDANT DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS [GUNTERT, P. AND WUTHRICH, K. (1991) J. BIOMOL. NMR 1, 447-456]. THE 100 STRUCTURES WITH LOWEST RESIDUAL RESTRAINT VIOLATIONS WERE THEN REFINED USING DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING [NILGES, M. CLORE, G.M. AND GRONENBORN, A.M. (1988) FEBS LETT. 229, 317-324] IN X-PLOR. STRUCTURES WERE CALCULATED USING 419 NON-REDUNDANT INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS, 43 DIHEDRAL-ANGLE RESTRAINTS (27 PHI, 16 CHI1), AND 28 RESTRAINTS DEFINING 14 HYDROGEN BONDS, GIVING AN AVERAGE OF 13.2 RESTRAINTS/RESIDUE. THE ATOMIC RMS DIFFERENCES FOR RESIDUES 4 - 37 OF THE FINAL FAMILY OF 20 CONFORMERS WITH RESPECT TO THE MEAN COORDINATE POSITIONS ARE 0.22 /- 0.06 AND 0.62 +/- 0.08 ANGSTROMS FOR THE BACKBONE AND HEAVY ATOMS, RESPECTIVELY. THE CORRESPONDING PAIRWISE RMS DIFFERENCES ARE 0.31 +/- 0.07 AND 0.90 +/- 0.12 ANGSTROMS. RESIDUES 1 - 3 ARE DISORDERED. THE DEPOSITED STRUCTURES HAVE BEEN SUPERIMPOSED FOR MINIMUM RMSD OVER THE HEAVY ATOMS OF THE MEAN COORDINATE STRUCTURE. THE FIRST STRUCTURE IS THAT WITH THE LOWEST OVERALL ENERGY IN THE SIMPLIFIED ALL-HYDROGEN CHARMM FORCE FIELD AS IMPLEMENTED IN X-PLOR. | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LOWEST RESIDUAL RESTRAINT VIOLATIONS 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |