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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ax4 | ||||||
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タイトル | TRYPTOPHANASE FROM PROTEUS VULGARIS | ||||||
![]() | TRYPTOPHANASE | ||||||
![]() | TRYPTOPHAN BIOSYNTHESIS / TRYPTOPHAN INDOLE-LYASE / PYRIDOXAL 5'-PHOSPHATE / MONOVALENT CATION BINDING SITE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Isupov, M.N. / Antson, A.A. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Dementieva, I.S. / Zakomirdina, L.N. / Wilson, K.S. / Dauter, Z. / Lebedev, A.A. / Harutyunyan, E.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of tryptophanase. 著者: Isupov, M.N. / Antson, A.A. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Dementieva, I.S. / Zakomirdina, L.N. / Wilson, K.S. / Dauter, Z. / Lebedev, A.A. / Harutyunyan, E.H. #1: ![]() タイトル: X-Ray Study of Tryptophanase at 2.1 Angstrom Resolution 著者: Isupov, M. / Dementieva, I. / Zakomirdina, L. / Wilson, K.S. / Dauter, Z. / Antson, A.A. / Dodson, G.G. / Harutyunyan, E.H. #2: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Investigation of Holotryptophanases from Escherichia Coli and Proteus Vulgaris 著者: Dementieva, I.S. / Zakomirdina, L.N. / Sinitzina, N.I. / Antson, A.A. / Wilson, K.S. / Isupov, M.N. / Lebedev, A.A. / Harutyunyan, E.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 386.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 318.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 499.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 78.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 109.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1tplS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52787.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: PYRIDOXAL 5'-DEPENDENT ENZYME, REQUIRES MONOVALENT CATIONS FOR ACTIVITY, DEGRADES L-TRYPTOPHAN TO INDOLE, PYRUVATE AND AMMONIA 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-K / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.8 詳細: 27 % PEG 4000, 0.1 M POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER PH 7.8, 0.25 MM PYRIDOXAL 5'-PHOSPHATE, 5MM DTT, 0.1 M CSCL. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年1月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→18 Å / Num. obs: 397510 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.33 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 2.49 % / Rmerge(I) obs: 0.273 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.273 / % possible all: 97.3 |
反射 | *PLUS Num. obs: 117863 / Num. measured all: 397510 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.3 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: TYROSINE PHENOL LYASE, PDB ENTRY 1TPL 解像度: 2.1→18 Å / 交差検証法: FREE R
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→18 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 117863 / Rfactor obs: 0.187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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