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- PDB-1awt: SECYPA COMPLEXED WITH HAGPIA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1awt
タイトルSECYPA COMPLEXED WITH HAGPIA
要素
  • CYCLOPHILIN A
  • PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN
キーワードCOMPLEX (ISOMERASE/PEPTIDE) / COMPLEX (ISOMERASE-PEPTIDE) / CYCLOPHILIN A / HIV-1 CAPSID / PSEUDO-SYMMETRY / COMPLEX (ISOMERASE-PEPTIDE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / Basigin interactions / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / protein peptidyl-prolyl isomerization / Calcineurin activates NFAT / viral release from host cell / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / : / neutrophil chemotaxis / activation of protein kinase B activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of protein phosphorylation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein secretion / negative regulation of protein kinase activity / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / neuron differentiation / platelet activation / platelet aggregation / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / unfolded protein binding / integrin binding / protein folding / Platelet degranulation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to oxidative stress / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of protein phosphorylation / focal adhesion / Neutrophil degranulation / apoptotic process / protein-containing complex / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Vajdos, F.F.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of cyclophilin A complexed with a binding site peptide from the HIV-1 capsid protein.
著者: Vajdos, F.F. / Yoo, S. / Houseweart, M. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P.
履歴
登録1997年10月5日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLOPHILIN A
B: CYCLOPHILIN A
C: CYCLOPHILIN A
D: CYCLOPHILIN A
E: CYCLOPHILIN A
F: CYCLOPHILIN A
G: PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN
H: PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN
I: PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN
J: PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN
K: PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN
L: PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,95112
ポリマ－111,95112
非ポリマー00
水3,153175
1
A: CYCLOPHILIN A
G: PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6592
ポリマ－18,6592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area7440 Å2
手法PISA
2
C: CYCLOPHILIN A
I: PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6592
ポリマ－18,6592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area7310 Å2
手法PISA
3
E: CYCLOPHILIN A
K: PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6592
ポリマ－18,6592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: CYCLOPHILIN A
J: PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6592
ポリマ－18,6592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area7370 Å2
手法PISA
5
B: CYCLOPHILIN A
H: PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6592
ポリマ－18,6592
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area790 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7380 Å2
手法PISA
6
F: CYCLOPHILIN A
L: PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6592
ポリマ－18,6592
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area7440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.200, 73.200, 189.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999156, 0.03207, -0.025684), (-0.032094, 0.999485, -0.000521), (0.025654, 0.001345, 0.99967)-0.73243, 1.28372, 126.04409
2given(0.997887, 0.063136, 0.015329), (-0.062962, 0.997949, -0.011556), (-0.016027, 0.010567, 0.999816)-1.45689, 1.52184, 63.35123
3given(0.984487, 0.17543, 0.003197), (-0.175391, 0.984448, -0.009995), (-0.004901, 0.009279, 0.999945)33.3683, 40.68538, 0.04417
4given(0.998532, -0.05125, -0.01754), (0.050637, 0.998146, -0.033759), (0.019238, 0.032821, 0.999276)37.47346, 35.92854, 125.41647
5given(0.996721, 0.07396, 0.032813), (-0.077082, 0.991249, 0.10716), (-0.0246, -0.109338, 0.9937)35.11689, 37.9392, 65.77402

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要素

#1: タンパク質
CYCLOPHILIN A


分子量: 18092.887 Da / 分子数: 6 / 変異: SELENO-METHIONINE SUBSTITUTED / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: SELENOMETHIONINE SUBSTITUTED CYPA; / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: CYCLOPHILIN / 遺伝子 (発現宿主): CYCLOPHILIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62937, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質・ペプチド
PEPTIDE FROM THE HIV-1 CAPSID PROTEIN


分子量: 565.642 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 %
結晶化pH: 8.4 / 詳細: pH 8.4
結晶化
*PLUS
温度: 21 ℃ / pH: 8.2 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16 mg/mlpeptide11
244-54 %satammonium sulfate12
3100 mMTris-HCl12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1995年6月1日
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→15 Å / Num. obs: 32487 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / Rsym value: 0.206 / % possible all: 98
反射
*PLUS
Num. measured all: 159378 / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.206

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.843モデル構築
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.843位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.55→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED THE PROTEIN IS SELENO-METHIONINE SUBSTITUTED, BUT THE SELENO-METHIONINE RESIDUES WERE REFINED AS METHIONINES. THE HIGH R-VALUE FOR THIS STRUCTURE STEMS FROM THE ...詳細: BULK SOLVENT MODEL USED THE PROTEIN IS SELENO-METHIONINE SUBSTITUTED, BUT THE SELENO-METHIONINE RESIDUES WERE REFINED AS METHIONINES. THE HIGH R-VALUE FOR THIS STRUCTURE STEMS FROM THE EXTREME NON-RANDOM DISTRIBUTION OF STRUCTURE FACTOR AMPLITUDES IN THE DATA. THE STRUCTURE HAS BEEN CONFIRMED IN BOTH THE PSEUDO-SPACE GROUP.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.465 1478 4.9 %RANDOM
Rwork0.378 ---
obs0.378 30093 93.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.65 Å0.5 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5032 0 120 175 5327
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.36
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.211.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.932
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.312
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.882.5
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.479 261 5.3 %
Rwork0.407 4704 -
obs--92.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TIP3P.PARAMETERTIP3P.TOPOLOGY
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.36

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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