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- PDB-1avm: THE CAMBIALISTIC SUPEROXIDE DISMUTASE (FE-SOD) OF P. SHERMANII CO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1avm
タイトルTHE CAMBIALISTIC SUPEROXIDE DISMUTASE (FE-SOD) OF P. SHERMANII COORDINATED BY AZIDE
要素SUPEROXIDE DISMUTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / SOD / SUPEROXIDE DISMUTASE / PROPIONIBACTERIUM SHERMANII / AZIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal ...Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / : / Superoxide dismutase [Mn/Fe]
類似検索 - 構成要素
生物種Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア)
手法X線回折 / ISOMORPHOUS WITH FE-SOD OF P.SHERMANII / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Schmidt, M. / Parak, F.
引用ジャーナル: Inorg.Chim.Acta. / 年: 1998
タイトル: The Structure of the Azide Coordinated Superoxide Dismutase of P. Shermanii Investigated by X-Ray Structure Analysis, Exafs, Mossbauer-and Epr Spectroscopy
著者: Schmidt, M. / Scherk, C. / Iakovleva, O. / Nolting, H.F. / Meier, B. / Parak, F.
履歴
登録1997年9月17日処理サイト: BNL
改定 1.01998年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年11月29日Group: Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_status / software ...pdbx_database_status / software / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.name
改定 1.52023年8月2日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUPEROXIDE DISMUTASE
B: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5146
ポリマ－45,3192
非ポリマー1964
水7,638424
1
A: SUPEROXIDE DISMUTASE
B: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子

A: SUPEROXIDE DISMUTASE
B: SUPEROXIDE DISMUTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,02912
ポリマ－90,6374
非ポリマー3918
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)79.680, 85.420, 108.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-346-

HOH

21B-353-

HOH

31B-355-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.2025, -0.0016, -0.9793), (0.0036, -1, 0.0024), (-0.9793, -0.004, -0.2025)
ベクター: 58.4013, 33.0453, 71.7629)

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要素

#1: タンパク質 SUPEROXIDE DISMUTASE / SOD


分子量: 22659.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア)
生物種: Propionibacterium freudenreichii / 株: PZ3 / 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / 参照: UniProt: P80293, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: vapor diffusion - hanging drop - microseeding / pH: 6.15
詳細: FROM 2.15 M (NH4)2SO4, 55 MG/ML PROTEIN, 4 DEG C, PH 6.15, HANGING DROP, MICROSEED FROM NATIVE FE-SOD OF P.SHERM., SOAKED FOR 24 H IN 150 MM SODIUM AZIDE, vapor diffusion - hanging drop - ...詳細: FROM 2.15 M (NH4)2SO4, 55 MG/ML PROTEIN, 4 DEG C, PH 6.15, HANGING DROP, MICROSEED FROM NATIVE FE-SOD OF P.SHERM., SOAKED FOR 24 H IN 150 MM SODIUM AZIDE, vapor diffusion - hanging drop - microseeding, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Schmidt, M., (1996) J.Biol.Inorg.Chem., 1, 532.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 mg/mlprotein1drop
22.15 Mammonium sulfate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年3月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→39.8 Å / Num. obs: 45471 / % possible obs: 84.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.55→1.6 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Rsym value: 0.158 / % possible all: 61.9
反射
*PLUS
Num. obs: 47159 / Num. measured all: 183083 / Rmerge(I) obs: 0.042

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
SAINTデータ削減
SAINTデータスケーリング
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: ISOMORPHOUS WITH FE-SOD OF P.SHERMANII
開始モデル: PDB ENTRY 1AR5

1ar5


解像度: 1.55→8 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4.5
詳細: REFINEMENT OF THE CENTRAL IRON, THE COORDINATING SOLVENT AND THE AZIDE MOLECULE UNRESTRAINED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 4318 10 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.171 42899 80 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15.4 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3204 0 8 426 3638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.42
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.35
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.98
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NO RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.62 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 332 10 %
Rwork0.217 2995 -
obs--50.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2AZI.PARAZI.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 7.7 Å / Rfactor obs: 0.166 / Rfactor Rfree: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.35
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.98
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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