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- PDB-1ava: AMY2/BASI PROTEIN-PROTEIN COMPLEX FROM BARLEY SEED -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ava
タイトルAMY2/BASI PROTEIN-PROTEIN COMPLEX FROM BARLEY SEED
要素
  • BARLEY ALPHA-AMYLASE 2(CV MENUET)
  • BARLEY ALPHA-AMYLASE/SUBTILISIN INHIBITOR
キーワードHYDROLASE INHIBITION / ENZYME INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase inhibitor activity / starch catabolic process / alpha-amylase / alpha-amylase activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase, C-terminal beta-sheet / Alpha-amylase, plant / Alpha-amylase C-terminal beta-sheet domain / Alpha-amylase C-terminal beta-sheet domain / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Alpha amylase / Kunitz inhibitor STI-like superfamily ...Alpha-amylase, C-terminal beta-sheet / Alpha-amylase, plant / Alpha-amylase C-terminal beta-sheet domain / Alpha-amylase C-terminal beta-sheet domain / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I3, Kunitz legume / Trypsin and protease inhibitor / Soybean trypsin inhibitor (Kunitz) family of protease inhibitors / Alpha amylase / Kunitz inhibitor STI-like superfamily / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-amylase type B isozyme / Alpha-amylase/subtilisin inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / PHASE COMBINATION / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Vallee, F. / Kadziola, A. / Bourne, Y. / Juy, M. / Svensson, B. / Haser, R.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Barley alpha-amylase bound to its endogenous protein inhibitor BASI: crystal structure of the complex at 1.9 A resolution.
著者: Vallee, F. / Kadziola, A. / Bourne, Y. / Juy, M. / Rodenburg, K.W. / Svensson, B. / Haser, R.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Characterization, Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Analysis of the Complex between Barley Alpha-Amylase and the Bifunctional Alpha-Amylase/Subtilisin Inhibitor from Barley Seeds
著者: Vallee, F. / Kadziola, A. / Bourne, Y. / Abe, J. / Svensson, B. / Haser, R.
履歴
登録1997年9月15日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BARLEY ALPHA-AMYLASE 2(CV MENUET)
B: BARLEY ALPHA-AMYLASE 2(CV MENUET)
C: BARLEY ALPHA-AMYLASE/SUBTILISIN INHIBITOR
D: BARLEY ALPHA-AMYLASE/SUBTILISIN INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,11012
ポリマ－129,7904
非ポリマー3218
水13,475748
1
A: BARLEY ALPHA-AMYLASE 2(CV MENUET)
C: BARLEY ALPHA-AMYLASE/SUBTILISIN INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0556
ポリマ－64,8952
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area21560 Å2
手法PISA
2
B: BARLEY ALPHA-AMYLASE 2(CV MENUET)
D: BARLEY ALPHA-AMYLASE/SUBTILISIN INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0556
ポリマ－64,8952
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area21520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.500, 96.180, 170.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.98826, 0.144042, 0.050931), (-0.152186, 0.898692, 0.41133), (0.013477, -0.414252, 0.910062)
ベクター: -24.18795, -0.3904, 1.53174)

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要素

#1: タンパク質 BARLEY ALPHA-AMYLASE 2(CV MENUET) / AMY2


分子量: 44986.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hordeum vulgare (オオムギ) / 器官: SEED / 参照: UniProt: P04063, alpha-amylase
#2: タンパク質 BARLEY ALPHA-AMYLASE/SUBTILISIN INHIBITOR / BASI


分子量: 19908.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hordeum vulgare (オオムギ) / 器官: SEED / 参照: UniProt: P07596
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 748 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化pH: 6.7 / 詳細: pH 6.7
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 45 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
19.4 mg/mlprotein1drop
23-8 %PEG60001reservoir
310 mMMES1reservoir
45 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年3月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→15 Å / Num. obs: 95258 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Rsym value: 0.105
反射 シェル解像度: 1.9→2.1 Å / % possible all: 82.5
反射
*PLUS
Num. obs: 95528
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XDSデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: PHASE COMBINATION
開始モデル: AMY2

解像度: 1.9→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 -10 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 88165 91.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9176 0 8 749 9933
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.45
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.24
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.12.2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it22.1
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.1 Å / % reflection Rfree: 10 % / % reflection obs: 82.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1
X-RAY DIFFRACTION2
X-RAY DIFFRACTION3PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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