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万見
- PDB-1atb: HIGH-RESOLUTION STRUCTURE OF ASCARIS TRYPSIN INHIBITOR IN SOLUTIO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1atb
タイトルHIGH-RESOLUTION STRUCTURE OF ASCARIS TRYPSIN INHIBITOR IN SOLUTION: DIRECT EVIDENCE FOR A PH INDUCED CONFORMATIONAL TRANSITION IN THE REACTIVE SITE
要素ASCARIS TRYPSIN INHIBITOR
キーワードPROTEINASE INHIBITOR(TRYPSIN)
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / Laminin / Laminin / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ascaris suum (かいちゅう)
手法溶液NMR
データ登録者Clore, G.M. / Grasberger, B.L. / Gronenborn, A.M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: High-resolution structure of Ascaris trypsin inhibitor in solution: direct evidence for a pH-induced conformational transition in the reactive site.
著者: Grasberger, B.L. / Clore, G.M. / Gronenborn, A.M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Sequential Resonance Assignment and Secondary Structure Determination of the Ascaris Trypsin Inhibitor, a Member of a Novel Class of Proteinase Inhibitors
著者: Gronenborn, A.M. / Nilges, M. / Peanasky, R.J. / Clore, G.M.
履歴
登録1994年5月20日処理サイト: BNL
改定 1.01994年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ASCARIS TRYPSIN INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8081
ポリマ－6,8081
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 ASCARIS TRYPSIN INHIBITOR


分子量: 6807.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ascaris suum (かいちゅう) / 参照: UniProt: P19398
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

精密化ソフトェア番号: 1
詳細: THE 3D STRUCTURE OF THE PH 2.4 FORM OF THE ASCARIS TRYPSIN INHIBITOR IN SOLUTION BY NMR IS BASED ON 1083 EXPERIMENTAL RESTRAINTS COMPRISING: 49 SHORT RANGE (1 < |I-J| 5) INTERRESIDUE ...詳細: THE 3D STRUCTURE OF THE PH 2.4 FORM OF THE ASCARIS TRYPSIN INHIBITOR IN SOLUTION BY NMR IS BASED ON 1083 EXPERIMENTAL RESTRAINTS COMPRISING: 49 SHORT RANGE (1 < |I-J| <=5) AND 216 LONG RANGE (|I-J|>5) INTERRESIDUE INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS, 323 INTRARESIDUE INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS, 46 DISTANCE RESTRAINTS FOR 3 HYDROGEN BONDS, AND 59 PHI, 49 PSI AND 41 CHI1 TORSION ANGLE RESTRAINTS. A COMPLETE LIST OF EXPERIMENTAL RESTRAINTS HAS BEEN DEPOSITED WITH THE BROOKHAVEN DATA BANK. THE STRUCTURES ARE CALCULATED USING THE HYBRID METRIC MATRIX DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING METHOD DESCRIBED BY: NILGES, M., CLORE, G.M. & GRONENBORN, A.M. (1988) FEBS LETT 29, 317-324 ALL STRUCTURAL STATISTICS ARE GIVEN IN REFERENCE 1. THIS ENTRY PRESENTS THE RESTRAINED MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE (SA)R. THIS IS OBTAINED BY FIRST AVERAGING THE COORDINATES OF THE INDIVIDUAL 32 DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING SA STRUCTURES BEST FITTED TO RESIDUES 5 - 60, AND SUBJECTING THE RESULTING COORDINATES TO RESTRAINED MINIMIZATION. COLUMNS 61 - 66 IN THIS SET OF COORDINATES (THE B VALUE FIELD IN X-RAY STRUCTURES) GIVES THE AVERAGE RMS DIFFERENCE BETWEEN THE INDIVIDUAL SA STRUCTURES AND THE MEAN STRUCTURE. THE QUANTITIES IN THIS FIELD OF THE INDIVIDUAL STRUCTURES HAVE NO MEANING. THE INDIVIDUAL STRUCTURES ARE PRESENTED IN PROTEIN DATA BANK ENTRY 1ATE.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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