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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ar5 | ||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE OF THE CAMBIALISTIC SUPEROXIDE DISMUTASE FROM PROPIONIBACTERIUM SHERMANII ACTIVE WITH FE OR MN | ||||||
要素 | SUPEROXIDE DISMUTASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / SUPEROXIDE DISMUTASE / DEGRADES O2- / DISMUTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / molecular replacement/MIR / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Schmidt, M. / Meier, B. / Parak, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1996 タイトル: X-Ray Structure of the Cambialistic Superoxide Dismutase from Propionibacterium Shermanii Active with Fe or Mn 著者: Schmidt, M. / Meier, B. / Parak, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ar5.cif.gz | 100.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ar5.ent.gz | 77 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ar5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ar5_validation.pdf.gz | 367.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ar5_full_validation.pdf.gz | 374.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ar5_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ar5_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/1ar5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/1ar5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.1993, -0.002, -0.9799), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22659.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS 由来: (天然) Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii (バクテリア) 生物種: Propionibacterium freudenreichii / 株: subsp. shermanii / 参照: UniProt: P80293, superoxide dismutase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.2 % / 解説: COMBINATION OF MR AND MIR | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: microseeding / pH: 6.15 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2.15 M (NH4)2SO4, 50 MM KPI, PH 6.15 AT 4 DEG C. NUCLEATION WAS INDUCED BY ADDING A MICROSEED FROM CRYSTALS GROWN FROM 2.4 M (NH4)2SO4, 50MM KPI, PH 7.4 AT 4 DEG ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2.15 M (NH4)2SO4, 50 MM KPI, PH 6.15 AT 4 DEG C. NUCLEATION WAS INDUCED BY ADDING A MICROSEED FROM CRYSTALS GROWN FROM 2.4 M (NH4)2SO4, 50MM KPI, PH 7.4 AT 4 DEG C., microseeding, temperature 277K PH範囲: 6.15 (7.4 for microseeds) | |||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 6.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年11月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→39.8 Å / Num. obs: 47484 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 15.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Rsym value: 0.027 / Net I/σ(I): 22.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Rsym value: 0.136 / % possible all: 90.2 |
反射 | *PLUS % possible obs: 85.6 % / Num. measured all: 119504 / Rmerge(I) obs: 0.034 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 72.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: molecular replacement/MIR 開始モデル: FE-SOD E.COLI, MN-SOD T.THERMOPHILUS 解像度: 1.6→10 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4.5
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: UNRESTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.67 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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