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万見
- PDB-1aqy: ESTROGEN SULFOTRANSFERASE WITH PAP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aqy
タイトルESTROGEN SULFOTRANSFERASE WITH PAP
要素ESTROGEN SULFOTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / PAP / SULFOTRANSFERASE / SULFONATION / ESTROGEN / 17-BETA ESTRADIOL / STEROID-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Cytosolic sulfonation of small molecules / estrone sulfotransferase / estrone sulfotransferase activity / Paracetamol ADME / steroid sulfotransferase activity / sulfation / sulfotransferase activity / estrogen metabolic process / steroid binding / female pregnancy ...Cytosolic sulfonation of small molecules / estrone sulfotransferase / estrone sulfotransferase activity / Paracetamol ADME / steroid sulfotransferase activity / sulfation / sulfotransferase activity / estrogen metabolic process / steroid binding / female pregnancy / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / Sulfotransferase 1E1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Kakuta, Y. / Pedersen, L.G. / Carter, C.W. / Negishi, M. / Pedersen, L.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of estrogen sulphotransferase.
著者: Kakuta, Y. / Pedersen, L.G. / Carter, C.W. / Negishi, M. / Pedersen, L.C.
履歴
登録1997年8月4日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月9日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02023年7月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_ncs_oper.matrix[1][1] / _struct_ncs_oper.matrix[1][2] / _struct_ncs_oper.matrix[1][3] / _struct_ncs_oper.matrix[2][1] / _struct_ncs_oper.matrix[2][2] / _struct_ncs_oper.matrix[2][3] / _struct_ncs_oper.matrix[3][1] / _struct_ncs_oper.matrix[3][2] / _struct_ncs_oper.matrix[3][3] / _struct_ncs_oper.vector[1] / _struct_ncs_oper.vector[2] / _struct_ncs_oper.vector[3] / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 285THE ENTRY COORDINATES ARE NOT PRESENTED IN THE STANDARD CRYSTAL FRAME IN ORDER TO GENERATE THE ...THE ENTRY COORDINATES ARE NOT PRESENTED IN THE STANDARD CRYSTAL FRAME IN ORDER TO GENERATE THE CRYSTAL AU, APPLY THE FOLLOWING TRANSFORMATION MATRIX OR MATRICES AND SELECTED BIOMT RECORDS TO THE COORDINATES, AS SHOWN BELOW. X0 1 1.00000 0.00010 0.00000 -0.37209 X0 2 -0.00010 1.00000 0.00052 -0.40208 X0 3 -0.00000 -0.00052 1.00000 -41.34830 CRYSTAL AU = (X0) * CHAINS A and B

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTROGEN SULFOTRANSFERASE
B: ESTROGEN SULFOTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,4234
ポリマ－71,5692
非ポリマー8542
水4,900272
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area26530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.440, 79.180, 80.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.401471, 0.915739, -0.01565), (0.91587, 0.401417, -0.006606), (0.000233, -0.016986, -0.999855)
ベクター: -36.49312, 23.25004, -6.19232)

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要素

#1: タンパク質 ESTROGEN SULFOTRANSFERASE / EST


分子量: 35784.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PAP (ADENOSINE 3',5'-DIPHOSPHATE) / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL-KSJ-DB-DB / 細胞株: 293 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 器官: TESTIS / プラスミド: PGEX-4T3 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5A / 参照: UniProt: P49891, estrone sulfotransferase
#2: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.1 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.99
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→99 Å / Num. obs: 62653 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 17.7 Å2 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 2.2 % / Rsym value: 0.158 / % possible all: 84.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 3101 5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 61484 91.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4786 0 54 272 5112
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.73
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.481.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.252
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.782
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.132.5
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 465 4.9 %
Rwork0.272 8941 -
obs--84.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PAP.PARPAP.TOP
X-RAY DIFFRACTION3TIP3P.PARAMETER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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