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万見
- PDB-1aop: SULFITE REDUCTASE STRUCTURE AT 1.6 ANGSTROM RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aop
タイトルSULFITE REDUCTASE STRUCTURE AT 1.6 ANGSTROM RESOLUTION
要素SULFITE REDUCTASE HEMOPROTEIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / SIROHEME / [4FE-4S] / SNIRR / SIX-ELECTRON REDUCTION / PHOSPHATE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


assimilatory sulfite reductase (NADPH) / sulfite reductase (NADPH) activity / sulfite reductase complex (NADPH) / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / NADP binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Sulfite Reductase Hemoprotein;Domain 2 / Sulphite reductase (NADPH) hemoprotein, beta subunit / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain containing protein / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 2 / Nitrite/sulphite reductase iron-sulphur/sirohaem-binding site / Nitrite and sulfite reductases iron-sulfur/siroheme-binding site. / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain / Nitrite/sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain superfamily / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain ...Sulfite Reductase Hemoprotein;Domain 2 / Sulphite reductase (NADPH) hemoprotein, beta subunit / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain containing protein / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 2 / Nitrite/sulphite reductase iron-sulphur/sirohaem-binding site / Nitrite and sulfite reductases iron-sulfur/siroheme-binding site. / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain / Nitrite/sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like domain superfamily / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain / Nitrite/Sulfite reductase ferredoxin-like half domain / Sulfite Reductase Hemoprotein; domain 1 / Sulfite Reductase Hemoprotein, domain 1 / Nitrite and sulphite reductase 4Fe-4S domain-like superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / SIROHEME / Sulfite reductase [NADPH] hemoprotein beta-component
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / MAD/MIR / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Crane, B.R. / Getzoff, E.D.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Sulfite reductase structure at 1.6 A: evolution and catalysis for reduction of inorganic anions.
著者: Crane, B.R. / Siegel, L.M. / Getzoff, E.D.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Structures of the Siroheme-and Fe4S4-Containing Active Center of Sulfite Reductase in Different States of Oxidation: Heme Activation Via Reduction-Gated Exogenous Ligand Exchange
著者: Crane, B.R. / Siegel, L.M. / Getzoff, E.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997
タイトル: Multiwavelength Anomalous Diffraction of Sulfite Reductase Hemoprotein: Making the Most of MAD Data
著者: Crane, B.R. / Bellamy, H. / Getzoff, E.D.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997
タイトル: Determining Phases and Anomalous-Scattering Models from the Multiwavelength Anomalous Diffraction of Native Protein Metal Clusters. Improved MAD Phase Error Estimates and Anomalous-Scatterer Positions
著者: Crane, B.R. / Getzoff, E.D.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Characterization of the Cysjih Regions of Salmonella Typhimurium and Escherichia Coli B. DNA Sequences of Cysi and Cysh and a Model for the Siroheme-Fe4S4 Active Center of Sulfite ...タイトル: Characterization of the Cysjih Regions of Salmonella Typhimurium and Escherichia Coli B. DNA Sequences of Cysi and Cysh and a Model for the Siroheme-Fe4S4 Active Center of Sulfite Reductase Hemoprotein Based on Amino Acid Homology with Spinach Nitrite Reductase
著者: Ostrowski, J. / Wu, J.Y. / Rueger, D.C. / Miller, B.E. / Siegel, L.M. / Kredich, N.M.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986
タイトル: The Heme and Fe4S4 Cluster in the Crystallographic Structure of Escherichia Coli Sulfite Reductase
著者: Mcree, D.E. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S. / Siegel, L.M.
履歴
登録1997年7月8日処理サイト: BNL
置き換え1997年12月24日ID: 1GEO
改定 1.01997年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_status / software ...pdbx_database_status / software / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.name
改定 2.02023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SULFITE REDUCTASE HEMOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1505
ポリマ－55,7481
非ポリマー1,4024
水8,755486
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.800, 77.400, 87.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 SULFITE REDUCTASE HEMOPROTEIN / SIRHP


分子量: 55747.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: OXIDIZED, SIROHEME FE(III), [4FE-4S], +2 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: B
解説: PBR322 DERIVATIVE CONTAINING ESCHERICHIA COLI CYSIJ AND S. TYPHIMURIUM CYSG UNDER CONTROL OF CYSJIH PROMOTER EXPRESSED IN A S. TYPHIMURIUM CYSI AUXOTROPH
遺伝子: CYSIJ / プラスミド: PJYW613 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P17846, assimilatory sulfite reductase (NADPH)

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非ポリマー , 5種, 490分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-SRM / SIROHEME


分子量: 916.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H44FeN4O16
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細OXIDIZED, SIROHEME FE(III), [4FE-4S], +2.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 7.7 / 詳細: pH 7.7
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16 mg/mlprotein1drop
265 mMpotassium phosphate1reservoir
30.1 MEDTA1reservoir
415 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年2月11日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 61005 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Rsym value: 0.278 / % possible all: 93.5
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.099
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.5 % / Rmerge(I) obs: 0.278

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: MAD/MIR / 解像度: 1.6→10 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 --
Rwork0.182 --
obs0.182 61005 96.6 %
原子変位パラメータBiso mean: 19.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.49 Å20 Å20 Å2
2--3.18 Å20 Å2
3----1.69 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3590 0 77 486 4153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.76 Å /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.278 7058 -
obs--93.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X_PO4_2.SRMTOPH19_SO3.FS4
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDX_SO3.PROTOPHCSDX_SO3.PRO
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19X_SO3_2.SRMTOPH19_PO4.FS4
X-RAY DIFFRACTION4PARHCSDX_2_PO4.PRTOPH19_PO4.SR
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.278

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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