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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aop | ||||||||||||
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タイトル | SULFITE REDUCTASE STRUCTURE AT 1.6 ANGSTROM RESOLUTION | ||||||||||||
![]() | SULFITE REDUCTASE HEMOPROTEIN | ||||||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / SIROHEME / [4FE-4S] / SNIRR / SIX-ELECTRON REDUCTION / PHOSPHATE COMPLEX | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() assimilatory sulfite reductase (NADPH) / sulfite reductase (NADPH) activity / sulfite reductase (ferredoxin) activity / sulfite reductase complex (NADPH) / sulfite reductase activity / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / NADP binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...assimilatory sulfite reductase (NADPH) / sulfite reductase (NADPH) activity / sulfite reductase (ferredoxin) activity / sulfite reductase complex (NADPH) / sulfite reductase activity / sulfate assimilation / hydrogen sulfide biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / NADP binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Crane, B.R. / Getzoff, E.D. | ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Sulfite reductase structure at 1.6 A: evolution and catalysis for reduction of inorganic anions. 著者: Crane, B.R. / Siegel, L.M. / Getzoff, E.D. #1: ![]() タイトル: Structures of the Siroheme-and Fe4S4-Containing Active Center of Sulfite Reductase in Different States of Oxidation: Heme Activation Via Reduction-Gated Exogenous Ligand Exchange 著者: Crane, B.R. / Siegel, L.M. / Getzoff, E.D. #2: ![]() タイトル: Multiwavelength Anomalous Diffraction of Sulfite Reductase Hemoprotein: Making the Most of MAD Data 著者: Crane, B.R. / Bellamy, H. / Getzoff, E.D. #3: ![]() タイトル: Determining Phases and Anomalous-Scattering Models from the Multiwavelength Anomalous Diffraction of Native Protein Metal Clusters. Improved MAD Phase Error Estimates and Anomalous-Scatterer Positions 著者: Crane, B.R. / Getzoff, E.D. #4: ![]() タイトル: Characterization of the Cysjih Regions of Salmonella Typhimurium and Escherichia Coli B. DNA Sequences of Cysi and Cysh and a Model for the Siroheme-Fe4S4 Active Center of Sulfite ...タイトル: Characterization of the Cysjih Regions of Salmonella Typhimurium and Escherichia Coli B. DNA Sequences of Cysi and Cysh and a Model for the Siroheme-Fe4S4 Active Center of Sulfite Reductase Hemoprotein Based on Amino Acid Homology with Spinach Nitrite Reductase 著者: Ostrowski, J. / Wu, J.Y. / Rueger, D.C. / Miller, B.E. / Siegel, L.M. / Kredich, N.M. #5: ![]() タイトル: The Heme and Fe4S4 Cluster in the Crystallographic Structure of Escherichia Coli Sulfite Reductase 著者: Mcree, D.E. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S. / Siegel, L.M. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 89.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 526.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 531.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 55747.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: OXIDIZED, SIROHEME FE(III), [4FE-4S], +2 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: PBR322 DERIVATIVE CONTAINING ESCHERICHIA COLI CYSIJ AND S. TYPHIMURIUM CYSG UNDER CONTROL OF CYSJIH PROMOTER EXPRESSED IN A S. TYPHIMURIUM CYSI AUXOTROPH 遺伝子: CYSIJ / プラスミド: PJYW613 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P17846, assimilatory sulfite reductase (NADPH) |
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-非ポリマー , 5種, 490分子 ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/SRM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/SRM.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
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#3: 化合物 | ChemComp-K / |
#4: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-SRM / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
非ポリマーの詳細 | OXIDIZED, SIROHEME FE(III), [4FE-4S], +2. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.7 / 詳細: pH 7.7 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年2月11日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 61005 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 28.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 7.5 / Rsym value: 0.278 / % possible all: 93.5 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.099 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.5 % / Rmerge(I) obs: 0.278 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MAD/MIR / 解像度: 1.6→10 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.8 Å2
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.14 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.76 Å /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.278 |