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- PDB-1aon: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ASYMMETRIC CHAPERONIN COMPLEX GROEL/GROE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aon
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE ASYMMETRIC CHAPERONIN COMPLEX GROEL/GROES/(ADP)7
要素
  • GROEL
  • GROEL/GROES COMPLEX
キーワードCOMPLEX (GROEL/GROES) / COMPLEX (GROEL-GROES) / CHAPERONIN ASSISTED PROTEIN FOLDING / COMPLEX (GROEL-GROES) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein folding chaperone / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / protein folding chaperone / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / unfolded protein binding / protein folding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
10 Kd Chaperonin, Protein Cpn10; Chain O / GroES chaperonin / GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GroEL / GroEL / Chaperonin GroES, conserved site / Chaperonins cpn10 signature. ...10 Kd Chaperonin, Protein Cpn10; Chain O / GroES chaperonin / GROEL; domain 2 / TCP-1-like chaperonin intermediate domain / GROEL; domain 1 / GroEL-like equatorial domain / GroEL / GroEL / Chaperonin GroES, conserved site / Chaperonins cpn10 signature. / Chaperonin 10 Kd subunit / GroES chaperonin family / GroES chaperonin superfamily / Chaperonin 10 Kd subunit / Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / GroES-like superfamily / 3-Layer(bba) Sandwich / Roll / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chaperonin GroEL / Co-chaperonin GroES
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Xu, Z. / Horwich, A.L. / Sigler, P.B.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: The crystal structure of the asymmetric GroEL-GroES-(ADP)7 chaperonin complex.
著者: Z Xu / A L Horwich / P B Sigler /
要旨: Chaperonins assist protein folding with the consumption of ATP. They exist as multi-subunit protein assemblies comprising rings of subunits stacked back to back. In Escherichia coli, asymmetric ...Chaperonins assist protein folding with the consumption of ATP. They exist as multi-subunit protein assemblies comprising rings of subunits stacked back to back. In Escherichia coli, asymmetric intermediates of GroEL are formed with the co-chaperonin GroES and nucleotides bound only to one of the seven-subunit rings (the cis ring) and not to the opposing ring (the trans ring). The structure of the GroEL-GroES-(ADP)7 complex reveals how large en bloc movements of the cis ring's intermediate and apical domains enable bound GroES to stabilize a folding chamber with ADP confined to the cis ring. Elevation and twist of the apical domains double the volume of the central cavity and bury hydrophobic peptide-binding residues in the interface with GroES, as well as between GroEL subunits, leaving a hydrophilic cavity lining that is conducive to protein folding. An inward tilt of the cis equatorial domain causes an outward tilt in the trans ring that opposes the binding of a second GroES. When combined with new functional results, this negative allosteric mechanism suggests a model for an ATP-driven folding cycle that requires a double toroid.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Distinct Actions of Cis and Trans ATP within the Double Ring of the Chaperonin Groel
著者: Rye, H.S. / Burston, S.G. / Fenton, W.A. / Beechem, J.M. / Xu, Z. / Sigler, P.B. / Horwich, A.L.
履歴
登録1997年7月8日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GROEL
B: GROEL
C: GROEL
D: GROEL
E: GROEL
F: GROEL
G: GROEL
H: GROEL
I: GROEL
J: GROEL
K: GROEL
L: GROEL
M: GROEL
N: GROEL
O: GROEL/GROES COMPLEX
P: GROEL/GROES COMPLEX
Q: GROEL/GROES COMPLEX
R: GROEL/GROES COMPLEX
S: GROEL/GROES COMPLEX
T: GROEL/GROES COMPLEX
U: GROEL/GROES COMPLEX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)877,61435
ポリマ－874,45421
非ポリマー3,16114
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area69480 Å2
ΔGint-486 kcal/mol
Surface area314810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)255.260, 265.250, 184.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.62341, 0.781886, -0.003757), (-0.781887, 0.623418, 0.001742), (0.003705, 0.001852, 0.999991)70.3607, 42.435, 0.086
2given(-0.224043, 0.974579, -0.000348), (-0.974576, -0.224041, 0.002662), (0.002516, 0.000936, 0.999996)147.39571, 13.9247, 0.0299
3given(-0.899764, 0.436376, -0.00092), (-0.436376, -0.899764, 4.6E-5), (-0.000808, 0.000443, 1)173.0845, -63.4226, 0.1381
4given(-0.9028, -0.430056, -0.001948), (0.430051, -0.902801, 0.002556), (-0.002858, 0.00147, 0.999995)128.82761, -132.13429, 0.3881
5given(-0.219823, -0.97554, -0.000496), (0.975537, -0.219824, 0.002092), (-0.00215, -2.5E-5, 0.999998)46.6125, -140.57449, 0.3558
6given(0.629141, -0.777284, 0.003401), (0.777283, 0.629148, 0.001725), (-0.00348, 0.001558, 0.999993)-10.639, -81.0987, 0.4239
7given(0.621053, 0.783687, 0.011271), (-0.783756, 0.621059, 0.003404), (-0.004332, -0.010947, 0.999931)70.319, 42.266, -0.6474
8given(-0.225521, 0.974219, 0.006096), (-0.974232, -0.225494, -0.004862), (-0.003362, -0.007035, 0.99997)147.35561, 13.779, -0.2763
9given(-0.901799, 0.432098, -0.006988), (-0.432057, -0.901821, -0.006691), (-0.009193, -0.003015, 0.999953)173.09261, -63.8633, 1.0467
10given(-0.900517, -0.434636, -0.012671), (0.43466, -0.900594, 0.000946), (-0.011823, -0.004656, 0.999919)128.4648, -132.42599, 1.3282
11given(-0.214381, -0.976732, 0.006021), (0.976711, -0.214314, 0.010216), (-0.008688, 0.00807, 0.99993)45.8922, -140.565, 0.8028
12given(0.62578, -0.779979, 0.005728), (0.779991, 0.62579, 6.1E-5), (-0.003632, 0.00443, 0.999984)-10.602, -81.3088, 0.2378
13given(0.635136, 0.772132, 0.020375), (-0.772336, 0.635204, 0.003764), (-0.010036, -0.018127, 0.999785)71.0063, 42.903, -0.4356
14given(-0.214346, 0.976563, 0.019492), (-0.976756, -0.21434, -0.002426), (0.001809, -0.019559, 0.999807)148.6774, 14.3745, -1.4739
15given(-0.899081, 0.437601, 0.012614), (-0.437629, -0.899155, 0.000547), (0.011581, -0.005028, 0.99992)174.2243, -63.354, -1.2723
16given(-0.905937, -0.423163, 0.014537), (0.423306, -0.905946, 0.00859), (0.009535, 0.013935, 0.999857)130.58031, -130.89951, -0.0659
17given(-0.228903, -0.973253, 0.019526), (0.973444, -0.228919, 0.001443), (0.003065, 0.019338, 0.999808)48.8816, -140.22121, 0.654
18given(0.613988, -0.789067, 0.019793), (0.789305, 0.613914, -0.010322), (-0.004007, 0.02196, 0.999751)-8.023, -83.2415, 1.1173

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要素

#1: タンパク質
GROEL / 60 KD CHAPERONIN / PROTEIN CPN60


分子量: 57260.504 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5 / 細胞株: BL21 / 遺伝子: GROE / プラスミド: IQ-TRC / 遺伝子 (発現宿主): GROEL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 / 参照: UniProt: P0A6F5
#2: タンパク質
GROEL/GROES COMPLEX / 10 KD CHAPERONIN / PROTEIN CPN10


分子量: 10400.938 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5 / 細胞株: BL21 / 遺伝子: GROE / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): GROES / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0A6F9
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化pH: 5.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 12% PEG3000, 0.25M SODIUM GLUTAMATE, 100MM CACODYLIC ACID, PH 5.5
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 %PEG30001reservoir
20.25 Msodium glutamate1reservoir
3100 mMcacodylate1reservoir
46 %PEG30001drop
50.125 Msodium glutamate1drop
650 mMcacodylate1drop
77.5 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.95
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: TWO CRYSTAL NON-DISPERSIVE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→99 Å / Num. obs: 242684 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 3→3.14 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.53 / % possible all: 91.2
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.121
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.2 % / Num. unique obs: 28317 / Rmerge(I) obs: 0.53

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OEL

1oel


解像度: 3→40 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: RESIDUE 526 - 547 IN EACH GROEL CHAIN ARE ABSENT FROM THE MODEL BECAUSE THE ELECTRON DENSITY FOR THESE RESIDUES COULD NOT BE INTERPRETED. ARG 197, PHE 204, LYS 225, LYS 226, SER 228 - GLU ...詳細: RESIDUE 526 - 547 IN EACH GROEL CHAIN ARE ABSENT FROM THE MODEL BECAUSE THE ELECTRON DENSITY FOR THESE RESIDUES COULD NOT BE INTERPRETED. ARG 197, PHE 204, LYS 225, LYS 226, SER 228 - GLU 232, GLU 238 IN CHAINS A - G ARE MODELLED AS ALANINE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 9846 5 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.248 198459 79.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.83 Å20 Å20 Å2
2--12.27 Å20 Å2
3----27.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.65 Å0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数58688 0 196 0 58884
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.472
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.711.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.322
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.042
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it62.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 3→3.14 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 827 5 %
Rwork0.356 16487 -
obs--56 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPARHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMTOPH19.PEP
X-RAY DIFFRACTION3PARAM19.ION
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.861 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg19.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.71

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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