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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1an4 | ||||||
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タイトル | STRUCTURE AND FUNCTION OF THE B/HLH/Z DOMAIN OF USF | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / OVERHANGING BASE / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() carbon catabolite regulation of transcription / regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / late viral transcription / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / bHLH transcription factor binding / chromatin => GO:0000785 / lipid homeostasis / negative regulation of fibrinolysis / response to UV / histone deacetylase binding ...carbon catabolite regulation of transcription / regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / late viral transcription / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / bHLH transcription factor binding / chromatin => GO:0000785 / lipid homeostasis / negative regulation of fibrinolysis / response to UV / histone deacetylase binding / cellular response to insulin stimulus / glucose metabolic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / glucose homeostasis / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / response to hypoxia / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein heterodimerization activity / protein-containing complex binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ferre-D'Amare, A.R. / Pognonec, P. / Roeder, R.G. / Burley, S.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and function of the b/HLH/Z domain of USF. 著者: Ferre-D'Amare, A.R. / Pognonec, P. / Roeder, R.G. / Burley, S.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 66 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 386.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6369.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 6520.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
#3: タンパク質 | 分子量: 7653.597 Da / 分子数: 2 Fragment: FRAGMENT:B/HLH DNA BINDING DOMAIN MUTATION:R196M, C229S, C248S Mutation: R196M, C229S, C248S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.75 詳細: pH 4.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 253 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年6月1日 |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→15 Å / Num. all: 32049 / Num. obs: 6038 / % possible obs: 77.2 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 1.5 % / % possible all: 49.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 15 Å / % possible obs: 76.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.6 % / Num. measured all: 32049 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å / % possible obs: 49.3 % / 冗長度: 1.5 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.9→6 Å / Rfactor Rwork: 0.236 / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 5096 / σ(F): 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 3.05 |