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- PDB-1an4: STRUCTURE AND FUNCTION OF THE B/HLH/Z DOMAIN OF USF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1an4
タイトルSTRUCTURE AND FUNCTION OF THE B/HLH/Z DOMAIN OF USF
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*C P*TP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*C P*GP*GP*GP*T)-3')
  • PROTEIN (UPSTREAM STIMULATORY FACTOR)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / OVERHANGING BASE / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite regulation of transcription / regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / late viral transcription / glucose mediated signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / bHLH transcription factor binding / lipid homeostasis / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / negative regulation of fibrinolysis / response to UV ...carbon catabolite regulation of transcription / regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / late viral transcription / glucose mediated signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose / bHLH transcription factor binding / lipid homeostasis / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / negative regulation of fibrinolysis / response to UV / cellular response to glucose stimulus / histone deacetylase binding / glucose metabolic process / cellular response to insulin stimulus / sequence-specific double-stranded DNA binding / glucose homeostasis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / protein-containing complex binding / enzyme binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Upstream stimulatory factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ferre-D'Amare, A.R. / Pognonec, P. / Roeder, R.G. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1994
タイトル: Structure and function of the b/HLH/Z domain of USF.
著者: Ferre-D'Amare, A.R. / Pognonec, P. / Roeder, R.G. / Burley, S.K.
履歴
登録1997年3月15日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*C P*TP*AP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*C P*GP*GP*GP*T)-3')
A: PROTEIN (UPSTREAM STIMULATORY FACTOR)
B: PROTEIN (UPSTREAM STIMULATORY FACTOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1974
ポリマ－28,1974
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6460 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.600, 54.700, 44.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*CP*C P*TP*AP*CP*A)-3')


分子量: 6369.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*TP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*CP*C P*GP*GP*GP*T)-3') / UPSTREAM STIMULATORY FACTOR 1


分子量: 6520.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
#3: タンパク質 PROTEIN (UPSTREAM STIMULATORY FACTOR)


分子量: 7653.597 Da / 分子数: 2
Fragment: FRAGMENT:B/HLH DNA BINDING DOMAIN MUTATION:R196M, C229S, C248S
Mutation: R196M, C229S, C248S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Bacteria (unknown) / キーワード: B/HLH DNA BINDING DOMAIN / 参照: UniProt: P22415

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.75
詳細: pH 4.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 40011
3GLYCEROL11
4KCL11
5MGCL211
6CD ACETATE11
7NA ACETATE11
8WATER12
9PEG 40012
10GLYCEROL12
11KCL12
12MGCL212
13CD ACETATE12
14NA ACETATE12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.4 mMDNA1drop
2100 mM1dropKCl
310 mMHEPES1drop
415 %PEG4001reservoir
515 %glycerol1reservoir
6100 mM1reservoirKCl
72.8 mM1reservoirMgCl2
81.4 mMCd(II) acetate1reservoir
9100 mMsodium acetate1reservoir
101
111
121
131
141

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データ収集

回折平均測定温度: 253 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年6月1日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.9→15 Å / Num. all: 32049 / Num. obs: 6038 / % possible obs: 77.2 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 1.5 % / % possible all: 49.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 15 Å / % possible obs: 76.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.6 % / Num. measured all: 32049
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å / % possible obs: 49.3 % / 冗長度: 1.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.9→6 Å / Rfactor Rwork: 0.236 / σ(F): 2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1068 855 0 0 1923
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 5096 / σ(F): 1
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 3.05

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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