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- PDB-1amf: CRYSTAL STRUCTURE OF MODA, A MOLYBDATE TRANSPORT PROTEIN, COMPLEX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1amf
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MODA, A MOLYBDATE TRANSPORT PROTEIN, COMPLEXED WITH MOLYBDATE
要素MOLYBDATE TRANSPORT PROTEIN MODA
キーワードBINDING PROTEIN / MOLYBDATE TRANSPORT PROTEIN / MOLYBDATE / PERIPLASMIC
機能・相同性
機能・相同性情報


response to chromate / tungstate ion transport / ABC-type molybdate transporter activity / molybdate ion binding / tungstate binding / molybdate ion transport / molybdenum ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
Molybdate ABC transporter, substrate-binding protein / : / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MOLYBDATE ION / Molybdate-binding protein ModA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Hu, Y. / Rech, S. / Gunsalus, R.P. / Rees, D.C.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the molybdate binding protein ModA.
著者: Hu, Y. / Rech, S. / Gunsalus, R.P. / Rees, D.C.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1996
タイトル: Properties of the Periplasmic Moda Molybdate-Binding Protein of Escherichia Coli
著者: Rech, S. / Wolin, C. / Gunsalus, R.P.
履歴
登録1997年6月13日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOLYBDATE TRANSPORT PROTEIN MODA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1082
ポリマ－24,9481
非ポリマー1601
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.570, 82.570, 81.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 MOLYBDATE TRANSPORT PROTEIN MODA


分子量: 24948.264 Da / 分子数: 1 / 断片: N-DOMAIN, C-DOMAIN / 由来タイプ: 天然
詳細: MOLYBDATE ANION IS SEQUESTERED BETWEEN N-AND C-DOMAINS
由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞内の位置: PERIPLASMIC / 参照: UniProt: P37329
#2: 化合物 ChemComp-MOO / MOLYBDATE ION / MOLYBDATE


分子量: 159.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: MoO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.73 %
結晶化pH: 4.7
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 27.5% PEG 8000, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 4.7, AND 2MM SODIUM MOLYBDATE
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
32 mM1reservoiror Na2WO4Na2MoO4
427.5 %PEG80001reservoir
50.1 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 30575 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.244 / % possible all: 60.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 112116 / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 60.8 % / Rmerge(I) obs: 0.244

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLOMON位相決定
X-PLOR4モデル構築
X-PLOR4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR4位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.75→30 Å
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 -5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.161 30575 93.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1743 0 5 76 1824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.57
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.39
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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