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万見
- PDB-1alu: HUMAN INTERLEUKIN-6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1alu
タイトルHUMAN INTERLEUKIN-6
要素INTERLEUKIN-6
キーワードCYTOKINE / INTERLEUKIN / RECEPTOR / SIGNALING / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / negative regulation of primary miRNA processing / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / regulation of microglial cell activation / interleukin-6 receptor complex ...regulation of astrocyte activation / glucagon secretion / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of glucagon secretion / hepatic immune response / negative regulation of primary miRNA processing / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / regulation of microglial cell activation / interleukin-6 receptor complex / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / hepatocyte proliferation / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / germinal center B cell differentiation / response to peptidoglycan / neutrophil apoptotic process / positive regulation of extracellular matrix disassembly / interleukin-6 receptor binding / positive regulation of B cell activation / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / T-helper 17 cell lineage commitment / inflammatory response to wounding / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / endocrine pancreas development / negative regulation of collagen biosynthetic process / regulation of neuroinflammatory response / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of acute inflammatory response / T follicular helper cell differentiation / negative regulation of chemokine production / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of leukocyte chemotaxis / positive regulation of platelet aggregation / neutrophil mediated immunity / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cell surface receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of bone resorption / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immunoglobulin production / Interleukin-6 signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / MAPK3 (ERK1) activation / maintenance of blood-brain barrier / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-10 signaling / positive regulation of interleukin-17 production / monocyte chemotaxis / humoral immune response / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Transcriptional Regulation by VENTX / negative regulation of lipid storage / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of angiogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of chemokine production / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / liver regeneration / regulation of insulin secretion / response to glucocorticoid / positive regulation of translation / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to activity / cytokine activity / acute-phase response / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Post-translational protein phosphorylation / growth factor activity / neuron cellular homeostasis / cellular response to virus / platelet activation / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to hydrogen peroxide / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / cytokine-mediated signaling pathway / neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / glucose homeostasis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / positive regulation of MAPK cascade / defense response to Gram-positive bacterium / positive regulation of apoptotic process / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen
類似検索 - 分子機能
Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Interleukin-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Somers, W.S. / Stahl, M. / Seehra, J.S.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1997
タイトル: 1.9 A crystal structure of interleukin 6: implications for a novel mode of receptor dimerization and signaling.
著者: Somers, W. / Stahl, M. / Seehra, J.S.
履歴
登録1997年6月3日処理サイト: BNL
改定 1.01998年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERLEUKIN-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6716
ポリマ－21,1371
非ポリマー5345
水2,162120
1
A: INTERLEUKIN-6
ヘテロ分子

A: INTERLEUKIN-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,34312
ポリマ－42,2742
非ポリマー1,06910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
手法PQS
2
A: INTERLEUKIN-6
ヘテロ分子

A: INTERLEUKIN-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,34312
ポリマ－42,2742
非ポリマー1,06910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area15910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.678, 49.678, 121.995
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN-6


分子量: 21137.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05231
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化pH: 6.3
詳細: PROTEIN AT 15 MG/ML WAS CRYSTALLIZED FROM 1.8M AMMONIUM SULFATE, 300 MM SODIUM POTASSIUM TARTRATE, IN 100MM PH 6.3 SODIUM CITRATE BUFFER.
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.8 Mammonium sulfate1reservoir
2300 mMsodium potassium tartrate1reservoir
3100 mMsodium citrate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年12月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→10 Å / Num. obs: 14002 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Rsym value: 0.129 / % possible all: 88.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 100519
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
ROTAVATAデータ削減
Agrovataデータ削減
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 -5 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs-13905 98 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1248 0 30 120 1398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.3
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.213
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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