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万見
- PDB-1alc: REFINED STRUCTURE OF BABOON ALPHA-LACTALBUMIN AT 1.7 ANGSTROMS RE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1alc
タイトルREFINED STRUCTURE OF BABOON ALPHA-LACTALBUMIN AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION. COMPARISON WITH C-TYPE LYSOZYME
要素ALPHA-LACTALBUMIN
キーワードCALCIUM BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lactose synthase activity / lactose biosynthetic process / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lactalbumin / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lactalbumin / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Papio cynocephalus (キイロヒヒ)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Acharya, K.R. / Stuart, D.I. / Phillips, D.C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Refined structure of baboon alpha-lactalbumin at 1.7 A resolution. Comparison with C-type lysozyme.
著者: Acharya, K.R. / Stuart, D.I. / Walker, N.P. / Lewis, M. / Phillips, D.C.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1987
タイトル: Crystallographic Analysis of the Three-Dimensional Structure of Baboon Alpha-Lactalbumin at Low Resolution. Homology with Lysozyme
著者: Smith, S.G. / Lewis, M. / Aschaffenburg, R. / Fenna, R.E. / Wilson, I.A. / Sundaralingam, M. / Stuart, D.I. / Phillips, D.C.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1986
タイトル: Alpha-Lactalbumin Possesses a Novel Calcium Binding Loop
著者: Stuart, D.I. / Acharya, K.R. / Walker, N.P.C. / Smith, S.G. / Lewis, M. / Phillips, D.C.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Crystallography of Alpha-Lactalbumin. III. Crystals of Baboon Milk Alpha-Lactalbumin
著者: Aschaffenburg, R. / Fenna, R.E. / Phillips, D.C. / Smith, S.G. / Buss, D.H. / Jeness, R. / Thompson, M.P.
履歴
登録1989年8月14日処理サイト: BNL
改定 1.01989年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-LACTALBUMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2292
ポリマ－14,1891
非ポリマー401
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.500, 69.100, 46.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-LACTALBUMIN


分子量: 14189.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Papio cynocephalus (キイロヒヒ) / 参照: UniProt: P12065
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.26 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.8 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
145 %satammonium sulfate11
20.2 Mphosphate11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. all: 13025 / Num. obs: 12400 / Observed criterion σ(F): 2 / Num. measured all: 10275
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 1.7 Å /
Rfactor反射数
all0.22 -
obs-10275
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数980 0 1 150 1131
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.035
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0270.045
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0210.045
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it31.65
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it26.56
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it42.96
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it33.28
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2290.25
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1110.9
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.5230.9
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.3480.9
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.76
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor25.225
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor27.625
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.22 / 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. reflection obs: 10275
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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