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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1al6 | ||||||
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タイトル | CHICKEN CITRATE SYNTHASE COMPLEX WITH N-HYDROXYAMIDO-COA AND OXALOACETATE | ||||||
要素 | CITRATE SYNTHASE | ||||||
キーワード | LYASE / OXO-ACID-LYASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 citrate (Si)-synthase / The tricarboxylic acid cycle / citrate synthase activity / citrate (Si)-synthase activity / citrate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process / mitochondrial matrix / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / MOLECULAR SUBSTITUTION / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Usher, K.C. / Remington, S.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Mechanisms of Enzyme-Catalyzed Deprotonation of Acetyl-Coenzyme A 著者: Schwartz, B. / Vogel, K.W. / Usher, K.C. / Narasimhan, C. / Miziorko, H.M. / Remington, S.J. / Drueckhammer, D.G. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: A Very Short Hydrogen Bond Provides Only Moderate Stabilization of an Enzyme-Inhibitor Complex of Citrate Synthase 著者: Usher, K.C. / Remington, S.J. / Martin, D.P. / Drueckhammer, D.G. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990 タイトル: Proposed Mechanism for the Condensation Reaction of Citrate Synthase: 1.9-A Structure of the Ternary Complex with Oxaloacetate and Carboxymethyl Coenzyme A 著者: Karpusas, M. / Branchaud, B. / Remington, S.J. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984 タイトル: Crystal Structure Analysis and Molecular Model of a Complex of Citrate Synthase with Oxaloacetate and S-Acetonyl-Coenzyme A 著者: Wiegand, G. / Remington, S. / Deisenhofer, J. / Huber, R. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982 タイトル: Crystallographic Refinement and Atomic Models of Two Different Forms of Citrate Synthase at 2.7 And 1.7 A Resolution 著者: Remington, S. / Wiegand, G. / Huber, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1al6.cif.gz | 102.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1al6.ent.gz | 77.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1al6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1al6_validation.pdf.gz | 716.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1al6_full_validation.pdf.gz | 728.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1al6_validation.xml.gz | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1al6_validation.cif.gz | 27.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/1al6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/1al6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48333.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 細胞株: 293 / 細胞内の位置: INNER MATRIX / 器官: HEART / Organelle: MITOCHONDRION / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P23007, EC: 4.1.3.7 |
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#2: 化合物 | ChemComp-OAA / |
#3: 化合物 | ChemComp-HAX / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % |
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結晶化 | pH: 6 詳細: CRYSTALLIZED FROM 1.02M NA CITRATE, PH 6.0 5 MM OXALOACETATE, PH 6 2 MM N-HYDROXYAMIDOCARBOXYMETHYLDETHIA COENZYME A. PH範囲: 6.0-6.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年2月10日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→25 Å / Num. obs: 34332 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→2 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 78 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MOLECULAR SUBSTITUTION 開始モデル: PDB ENTRY 1CSH 解像度: 1.85→25 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 426 Å2 / ksol: 0.75 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→25 Å
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拘束条件 |
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