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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aka | ||||||
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タイトル | STRUCTURAL BASIS FOR THE CATALYTIC ACTIVITY OF ASPARTATE AMINOTRANSFERASE K258H LACKING ITS PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE-BINDING LYSINE RESIDUE | ||||||
![]() | ASPARTATE AMINOTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE(AMINOTRANSFERASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() Amino acid metabolism / Gluconeogenesis / kynurenine-oxoglutarate transaminase / kynurenine-oxoglutarate transaminase activity / aspartate metabolic process / glutamate metabolic process / L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / aspartate catabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process ...Amino acid metabolism / Gluconeogenesis / kynurenine-oxoglutarate transaminase / kynurenine-oxoglutarate transaminase activity / aspartate metabolic process / glutamate metabolic process / L-phenylalanine biosynthetic process from chorismate via phenylpyruvate / L-tyrosine-2-oxoglutarate transaminase activity / aspartate catabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / aspartate transaminase / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / pyridoxal phosphate binding / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Malashkevich, V.N. / Jansonius, J.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the catalytic activity of aspartate aminotransferase K258H lacking the pyridoxal 5'-phosphate-binding lysine residue. 著者: Malashkevich, V.N. / Jager, J. / Ziak, M. / Sauder, U. / Gehring, H. / Christen, P. / Jansonius, J.N. #1: ![]() タイトル: Mutant Aspartate Aminotransferase (K258H) without Pyridoxal-5'-Phosphate-Binding Lysine Residue. Structural and Catalytic Properties 著者: Ziak, M. / Jaeger, J. / Malashkevich, V.N. / Jaussi, R. / Gehring, H. / Jansonius, J.N. / Christen, P. #2: ![]() タイトル: Structural Basis for Catalysis by Aspartate Aminotransferase 著者: Jansonius, J.N. / Vincent, M.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 183.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 406.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 425.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 138 / 2: CIS PROLINE - PRO A 195 / 3: CIS PROLINE - PRO B 138 / 4: CIS PROLINE - PRO B 195 5: K258H ACTIVE SITE MUTANT, PLP-FORM. THE RESIDUE PLP A 411 REPRESENTS THE COENZYME PLP IN THE ALDEHYDE FORM. IN SUBUNIT B, PLP IS REPLACED BY THE PHOSPHATE ION, PO4 B 411. | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.923, 0.3525, -0.153), ベクター: 詳細 | THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*. | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45001.453 Da / 分子数: 2 / 変異: K272H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PLP / | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | COENZYME PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE IS BOUND (NON-COVALENTLY) IN SUBUNIT A, BUT IS REPLACED BY ...COENZYME PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE IS BOUND (NON-COVALENTLY | 配列の詳細 | THE RESIDUES ARE NUMBERED FROM 3 - 410, ACCORDING TO A SEQUENCE ALIGNMENT WITH THE LONGER SEQUENCE ...THE RESIDUES ARE NUMBERED FROM 3 - 410, ACCORDING TO A SEQUENCE ALIGNMENT WITH THE LONGER SEQUENCE OF PIG CYTOSOLIC ASPARTATE AMINOTRANS | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.76 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 41517 / % possible obs: 81.1 % / Num. measured all: 56002 / Rmerge(I) obs: 0.053 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.1→10 Å / σ(F): 1 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.231 / Rfactor obs: 0.169 / Rfactor Rwork: 0.167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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