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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 1agu
タイトル
THE SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE C10R ADDUCT OF BENZO[A]PYRENE-DIOL-EPOXIDE AT THE N6 POSITION OF ADENINE OF AN 11 BASE-PAIR OLIGONUCLEOTIDE SEQUENCE CODING FOR AMINO ACIDS 60-62 OF THE PRODUCT OF THE N-RAS PROTOONCOGENE, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素
DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*CP*EP*AP*GP*AP*AP*G)-3')
DNA (5'-D(*CP*TP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*G)-3')
キーワード
DNA (デオキシリボ核酸) / DNA DUPLEX / HUMAN N-RAS GENE / CODON 61 SEQUENCE / C10R-BPDE ADDUCT / INTERCALATION / N6-ADENINE ADDUCT / DEOXYRIBONUCLEIC ACID (デオキシリボ核酸)
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Adduction of the human N-ras codon 61 sequence with (-)-(7S,8R,9R,10S)-7,8-dihydroxy-9,10-epoxy-7,8,9,10-tetrahydrobenzo[a] pyrene: structural refinement of the intercalated SRSR(61,2) ...タイトル: Adduction of the human N-ras codon 61 sequence with (-)-(7S,8R,9R,10S)-7,8-dihydroxy-9,10-epoxy-7,8,9,10-tetrahydrobenzo[a] pyrene: structural refinement of the intercalated SRSR(61,2) (-)-(7S,8R,9S,1 0R)-N6-[10-(7,8,9,10- tetrahydrobenzo[a]pyrenyl)]-2'-deoxyadenosyl adduct from 1H NMR 著者: Zegar, I.S. / Kim, S.J. / Johansen, T.N. / Horton, P.J. / Harris, C.M. / Harris, T.M. / Stone, M.P.
#1: ジャーナル: Chem.Res.Toxicol. / 年: 1995 タイトル: Solution Structure of an Oligodeoxynucleotide Containing the Human N-Ras Codon 61 Sequence Refined from 1H NMR Using Molecular Dynamics Restrained by Nuclear Overhauser Effects 著者: Feng, B. / Stone, M.P.
タイプ: Bruker AMX500 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX500 / 磁場強度: 500 MHz
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
X-PLOR
3.1
モデル構築
X-PLOR
3.1
精密化
X-PLOR
3.1
位相決定
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
X-PLOR
3.1
BRUNGER
精密化
Felix
構造決定
X-PLOR
構造決定
MARDIGRAS
構造決定
CORMA
構造決定
精密化
手法: NOE-RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: THIS STRUCTURE PROVIDED THE BEST-FIT FOR THE NOE DATA BASED ON THE RELAXATION MATRIX ANALYSIS USING CORMA. 計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1