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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1agk | |||||||||
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タイトル | THE SOLUTION NMR STRUCTURE OF AN (R)-A-(N6-ADENYL)-STYRENE OXIDE-RAS61 OLIGODEOXYNUCLEOTIDE MODIFIED AT THE SECOND POSITION OF THE CODON 61 REGION, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE | |||||||||
要素 |
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キーワード | DNA / DNA DUPLEX / B-DNA / HUMAN N-RAS GENE / CODON 61 SEQUENCE / R-STYRENE OXIDE ADDUCT / N6-ADENINE / MAJOR GROOVE / DEOXYRIBONUCLEIC ACID | |||||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||
手法 | 溶液NMR / NOE-RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING | |||||||||
データ登録者 | Feng, B. / Stone, M.P. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Major groove (R)-alpha-(N6-adenyl)styrene oxide adducts in an oligodeoxynucleotide containing the human N-ras codon 61 sequence: conformations of the R(61,2) and R(61,3) sequence isomers from 1H NMR. 著者: Feng, B. / Zhou, L. / Passarelli, M. / Harris, C.M. / Harris, T.M. / Stone, M.P. #1: ジャーナル: Chem.Res.Toxicol. / 年: 1995 タイトル: Solution Structure of an Oligodeoxynucleotide Containing the Human N-Ras Codon 61 Sequence Refined from 1H NMR Using Molecular Dynamics Restrained by Nuclear Overhauser Effects 著者: Feng, B. / Stone, M.P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1agk.cif.gz | 26.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1agk.ent.gz | 17 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1agk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1agk_validation.pdf.gz | 256 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1agk_full_validation.pdf.gz | 255.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1agk_validation.xml.gz | 3.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1agk_validation.cif.gz | 3.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/1agk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/1agk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3536.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: (R)-(N6-ADENYL)-STYRENE OXIDE-RAS61-2 DNA ADDUCT |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3291.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: (R)-(N6-ADENYL)-STYRENE OXIDE-RAS61-2 DNA ADDUCT |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
試料状態 | pH: 6.9 / 温度: 293 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AMX500 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX500 / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
ソフトウェア |
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NMR software |
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精密化 | 手法: NOE-RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: THIS STRUCTURE PROVIDED THE BEST-FIT FOR THE NOE DATA BASED ON THE RELAXATION MATRIX ANALYSIS USING CORMA 計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1 |