- PDB-1agh: THE SOLUTION STRUCTURE OF AN 11 BASE-PAIR OLIGONUCLEOTIDE DUPLEX ... -
+
データを開く
IDまたはキーワード:
読み込み中...
-
基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 1agh
タイトル
THE SOLUTION STRUCTURE OF AN 11 BASE-PAIR OLIGONUCLEOTIDE DUPLEX CODING FOR AMINO ACIDS 60-62 OF THE PRODUCT OF THE N-RAS PROTOONCOGENE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素
DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*AP*G)-3')
DNA (5'-D(*CP*TP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*G)-3')
キーワード
DNA / DNA DUPLEX / B-DNA / HUMAN N-RAS GENE / CODON 61 SEQUENCE / DEOXYRIBONUCLEIC ACID
ジャーナル: Chem.Res.Toxicol. / 年: 1995 タイトル: Solution structure of an oligodeoxynucleotide containing the human n-ras codon 61 sequence refined from 1H NMR using molecular dynamics restrained by nuclear Overhauser effects. 著者: Feng, B. / Stone, M.P.
THIS STRUCTURE PROVIDED THE BEST-FIT FOR THE NOE DATA BASED ON THE RELAXATION MATRIX ANALYSIS USING CORMA.
代表モデル
-
要素
#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*GP*AP*AP*G)-3')
分子量: 3416.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: HUMAN N-RAS PROTOONCOGENE
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*TP*TP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*G)-3')
分子量: 3291.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: HUMAN N-RAS PROTOONCOGENE
-
実験情報
-
実験
実験
手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-ID
Experiment-ID
Solution-ID
タイプ
1
1
1
NOESY
1
2
1
2QF-COSY
1
3
1
TOCSY
-
試料調製
試料状態
pH: 6.9 / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ: Bruker AMX500 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX500 / 磁場強度: 500 MHz
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
X-PLOR
3.1
モデル構築
X-PLOR
3.1
精密化
X-PLOR
3.1
位相決定
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
X-PLOR
3.1
BRUNGER
精密化
Felix
構造決定
X-PLOR
構造決定
MARDIGRAS
構造決定
CORMA
構造決定
精密化
手法: NOE-RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: THIS STRUCTURE PROVIDED THE BEST-FIT FOR THE NOE DATA BASED ON THE RELAXATION MATRIX ANALYSIS USING CORMA. 計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1