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- PDB-1agg: THE SOLUTION STRUCTURE OF OMEGA-AGA-IVB, A P-TYPE CALCIUM CHANNEL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1agg
タイトルTHE SOLUTION STRUCTURE OF OMEGA-AGA-IVB, A P-TYPE CALCIUM CHANNEL ANTAGONIST FROM THE VENOM OF AGELENOPSIS APERTA
要素OMEGA-AGATOXIN-IVB
キーワードNEUROTOXIN / P-TYPE CALCIUM CHANNEL ANTAGONIST
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell presynaptic membrane / ion channel inhibitor activity / calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Spider toxin / Spider toxin / Omega-AgatoxinV - #10 / Omega-AgatoxinV / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Omega-agatoxin-Aa4b
類似検索 - 構成要素
生物種Agelenopsis aperta (クモ)
手法溶液NMR
データ登録者Reily, M.D. / Thanabal, V. / Adams, M.E.
引用
ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1995
タイトル: The solution structure of omega-Aga-IVB, a P-type calcium channel antagonist from venom of the funnel web spider, Agelenopsis aperta.
著者: Reily, M.D. / Thanabal, V. / Adams, M.E.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: Structure-Activity Relationships for P-Type Calcium Channel Selective Omega-Agatoxins
著者: Reily, M.D. / Holub, K.E. / Gray, W.R. / Norris, T.M. / Adams, M.E.
#2: ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 1993
タイトル: Structure and Properties of Omega-Aga-Ivb, a New Antagonist of P-Type Calcium Channels
著者: Adams, M.E. / Mintz, I.M. / Reily, M.D. / Thanabal, V. / Bean, B.P.
履歴
登録1995年11月3日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年2月5日Group: Atomic model
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OMEGA-AGATOXIN-IVB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2871
ポリマ－5,2871
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)24 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド OMEGA-AGATOXIN-IVB / OMEGA-AGA-IVB


分子量: 5287.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Agelenopsis aperta (クモ) / 参照: UniProt: P37045

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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解析

NMR software名称: DGII, DISCOVER / 開発者: BIOSYM TECHNOLOGIES / 分類: 精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: THE 3 N-TERMINAL AND 9 C-TERMINAL AMINO ACIDS ARE HIGHLY DISORDERED. DGII STRUCTURES WERE GENERATED WITH NOE, OMEGA-TORSION AND PHI-TORSION CONSTRAINTS AND A MINIMIZATION/DYNAMICS PROTOCOL ...詳細: THE 3 N-TERMINAL AND 9 C-TERMINAL AMINO ACIDS ARE HIGHLY DISORDERED. DGII STRUCTURES WERE GENERATED WITH NOE, OMEGA-TORSION AND PHI-TORSION CONSTRAINTS AND A MINIMIZATION/DYNAMICS PROTOCOL WAS USED TO FURTHER REFINE THE DISTANCE GEOMETRY STRUCTURES. THE PROTOCOL CONSISTED OF 100 STEPS OF STEEPEST DESCENTS FOLLOWED BY 500 STEPS OF CONJUGATE GRADIENT MINIMIZATION WITHOUT CONSTRAINTS. ALL CONSTRAINTS WERE APPLIED AND EACH STRUCTURE SUBJECTED TO 500 STEPS OF CONJUGATE GRADIENT MINIMIZATION, 5 PS OF 300K MOLECULAR DYNAMICS, 500 STEPS OF CONJUGATE GRADIENT AND 100 STEEPEST DESCENTS MINIMIZATION. SOME MODELS WILL CONTAIN RESIDUES THAT HAVE UNFAVORABLE CONFORMATIONS, TYPICALLY IN THE DISORDERED REGIONS.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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