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- PDB-1acx: ACTINOXANTHIN STRUCTURE AT THE ATOMIC LEVEL (RUSSIAN) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1acx
タイトルACTINOXANTHIN STRUCTURE AT THE ATOMIC LEVEL (RUSSIAN)
要素ACTINOXANTHIN
キーワードANTIBACTERIAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to bacterium / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Neocarzinostatin-like / Neocarzinostatin family / Neocarzinostatin family / Neocarzinostatin-like / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces globisporus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pletnev, V.Z. / Kuzin, A.P.
引用
ジャーナル: Bioorg.Khim. / 年: 1982
タイトル: Actinoxanthin Structure at the Atomic Level (Russian)
著者: Pletnev, V.Z. / Kuzin, A.P. / Malinina, L.V.
#1: ジャーナル: Chemistry of Peptides and Proteins / 年: 1982
タイトル: X-Ray Investigation of Three Dimensional Structure of Actinoxanthin
著者: Pletnev, V. / Kuzin, A. / Trakhanov, S. / Popovich, V. / Tsigannik, I.
#2: ジャーナル: Biopolymers / 年: 1982
タイトル: Three-Dimensional Structure of Actinoxanthin. Iv. A 2.5-Angstroms Resolution
著者: Pletnev, V.Z. / Kuzin, A.P. / Trakhanov, S.D. / Kostetsky, P.V.
#3: ジャーナル: Biopolymers / 年: 1981
タイトル: Three-Dimensional Structure of Actinoxanthin. III. A 4-Angstroms Resolution
著者: Pletnev, V.Z. / Kuzin, A.P. / Trakhanov, S.D. / Kostetsky, P.V. / Popovich, V.A. / Tsigannik, I.N.
#4: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1981
タイトル: X-Ray Diffraction Studies of Actinoxanthine at High Resolution (Russian)
著者: Pletnev, V.Z. / Kuzin, A.P. / Trakhanov, S.D. / Khokhlov, A.S. / Ovchinnikov, Yu.A.
#5: ジャーナル: Sov.Phys.Crystallogr.(Engl.Transl.) / 年: 1982
タイトル: High Resolution X-Ray Structural Investigation of Actinoxanthin
著者: Pletnev, V.Z. / Kuzin, A.P. / Trakhanov, S.D. / Khokhlov, A.S. / Ovchinnikov, Yu.A.
#6: ジャーナル: Antibiotiki(Moscow) / 年: 1981
タイトル: Effect of Actinoxanthine, an Antitumor Antibiotic on Cells Cultivated in Vitro
著者: Borodina, V.M. / Kiryanova, E.A. / Zelenin, A.V. / Reshetov, P.D. / Chupova, L.A.
#7: ジャーナル: Bioorg.Khim. / 年: 1981
タイトル: Actinoxanthine Structure in Crystal and Aqueous Solution (Russian)
著者: Nabiev, I.R. / Trakhanov, S.D. / Pletnev, V.Z. / Efremov, E.S.
#8: ジャーナル: Bioorg.Khim. / 年: 1980
タイトル: Three Dimensional Structure of Actinoxanthin. II. The Location of Heavy Atom Sites in Isomorphous Derivatives by X-Ray Direct Methods (Russian)
著者: Pletnev, V.Z. / Kuzin, A.P. / Trakhanov, S.D. / Popovich, V.A. / Tsigannik, I.N.
#9: ジャーナル: Sov.J.Bioorg.Chem.(Engl.Transl.) / 年: 1981
タイトル: The Spatial Structure of Actinoxanthin. II. Localization of the Heavy Atoms in Isomorphic Derivatives by Direct X-Ray Methods
著者: Pletnev, V.Z. / Kuzin, A.P. / Trakhanov, S.D. / Popovich, V.A. / Tsygannik, I.N.
#10: ジャーナル: Bioorg.Khim. / 年: 1980
タイトル: Three-Dimensional Structure of Actinoxanthine at 2.8 Angstroms Resolution (Russian)
著者: Pletnev, V.Z. / Kuzin, A.P. / Trakhanov, S.D.
#11: ジャーナル: Bioorg.Khim. / 年: 1979
タイトル: Three-Dimensional Structure of Actinoxanthine. I. Crystallization and Preliminary X-Ray Data (Russian)
著者: Pletnev, V.Z. / Trakhanov, S.D. / Tsigannik, I.N.
#12: ジャーナル: Sov.J.Bioorg.Chem.(Engl.Transl.) / 年: 1980
タイトル: Three-Dimensional Structure of Actinoxanthin. I. Crystallization and Preliminary X-Ray Structural Results
著者: Pletnev, V.Z. / Trakhanov, S.D. / Tsygannik, I.N.
#13: ジャーナル: J.Antibiot. / 年: 1976
タイトル: Chemical Studies on Actinoxanthin
著者: Khokhlov, A.S. / Reshetov, P.D. / Chupova, L.A. / Cherches, B.Z. / Zhigis, L.S. / Stoyachenko, I.A.
#14: ジャーナル: Bioorg.Khim. / 年: 1976
タイトル: Actinoxanthin. Vii. Location of Disulfide Bonds in Actinoxanthin (Russian)
著者: Zhigis, L.S. / Stoyachenko, I.A. / Cherches, B.Z. / Reshetov, P.D. / Khokhlov, A.S.
#15: ジャーナル: Sov.J.Bioorg.Chem.(Engl.Transl.) / 年: 1976
タイトル: Actinoxanthin. Vii. Determination of the Positions of the Disulfide Bonds
著者: Zhigis, L.S. / Stoyachenko, I.A. / Cherches, B.Z. / Reshetov, P.D. / Khokhlov, A.S.
#16: ジャーナル: Bioorg.Khim. / 年: 1975
タイトル: Actinoxanthin. Vi. Tryptic Peptides and Amino Acid Sequence of Actinoxanthin (Russian)
著者: Cherches, B.Z. / Reshetov, P.D. / Gjigis, L.S. / Stoyachenko, I.A. / Chupova, L.A. / Khokhlov, A.S.
#17: ジャーナル: Sov.J.Bioorg.Chem.(Engl.Transl.) / 年: 1976
タイトル: Actinoxanthin. Vi. Peptides of Tryptic Hydrolysis. Amino-Acid Sequence of Actinoxanthin
著者: Cherches, B.Z. / Reshetov, P.D. / Zhigis, L.S. / Stoyachenko, I.A. / Chupova, L.A. / Khokhlov, A.S.
#18: ジャーナル: Bioorg.Khim. / 年: 1975
タイトル: Actinoxanthin. V. Thermolytic Peptides of Actinoxanthin (Russian)
著者: Reshetov, P.D. / Gjigis, L.S. / Stoyachenko, I.A. / Khokhlov, A.S.
#19: ジャーナル: Sov.J.Bioorg.Chem.(Engl.Transl.) / 年: 1976
タイトル: Actinoxanthin. V. The Peptides of a Thermolysin Hydrolyzate of Actinoxanthin
著者: Reshetov, P.D. / Zhigis, L.S. / Stoyachenko, I.A. / Khokhlov, A.S.
#20: ジャーナル: Bioorg.Khim. / 年: 1975
タイトル: Actinovanthin. Iv. Chymotryptic Peptides of Actinoxanthin (Russian)
著者: Chupova, L.A. / Reshetov, P.D. / Khokhlov, A.S.
#21: ジャーナル: Sov.J.Bioorg.Chem.(Engl.Transl.) / 年: 1976
タイトル: Actinoxanthin. Iv. Peptides of a Chymotryptic Hydrolysate of Actinoxanthin
著者: Chupova, L.A. / Reshetov, P.D. / Khokhlov, A.S.
履歴
登録1982年12月17日処理サイト: BNL
改定 1.01983年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACTINOXANTHIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3321
ポリマ－10,3321
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.900, 48.800, 64.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: SEE REMARK 5.

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要素

#1: タンパク質 ACTINOXANTHIN


分子量: 10332.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces globisporus (バクテリア)
参照: UniProt: P01551
構成要素の詳細THE TYPE CLASSIFICATION SUPPLIED ON THE TURN RECORDS BELOW FOLLOWS THE NOTATION OF C. M. ...THE TYPE CLASSIFICATION SUPPLIED ON THE TURN RECORDS BELOW FOLLOWS THE NOTATION OF C. M. VENKATACHALAM (BIOPOLYMERS 6, 1425 (1968)).
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.38 %

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: REAL-SPACE / バージョン: REFINEMENT / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数721 0 0 0 721

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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