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- PDB-1a7d: CHLOROMET MYOHEMERYTHRIN FROM THEMISTE ZOSTERICOLA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a7d
タイトルCHLOROMET MYOHEMERYTHRIN FROM THEMISTE ZOSTERICOLA
要素MYOHEMERYTHRIN
キーワードOXYGEN TRANSPORT / NONHEME IRON OXYGEN CARRIER
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic ion homeostasis / oxygen carrier activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Haemerythrin / Hemerythrin-like / Hemerythrin, metal-binding domain / Haemerythrin, iron-binding site / Hemerythrin-like superfamily / : / Hemerythrin family signature. / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...Haemerythrin / Hemerythrin-like / Hemerythrin, metal-binding domain / Haemerythrin, iron-binding site / Hemerythrin-like superfamily / : / Hemerythrin family signature. / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLORO DIIRON-OXO MOIETY / Myohemerythrin
類似検索 - 構成要素
生物種Themiste zostericola (無脊椎動物)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Martins, L.J. / Hill, C.P. / Ellis Junior, W.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Structures of wild-type chloromet and L103N hydroxomet Themiste zostericola myohemerythrins at 1.8 A resolution.
著者: Martins, L.J. / Hill, C.P. / Ellis Jr., W.R.
履歴
登録1998年3月12日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOHEMERYTHRIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0354
ポリマ－13,8011
非ポリマー2343
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.842, 81.260, 36.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MYOHEMERYTHRIN


分子量: 13800.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CONTAINS A CHLORO-DIIRON-OXO (FE1-O-FE2) MOIETY (CFO).
由来: (組換発現) Themiste zostericola (無脊椎動物)
組織: RETRACTOR MUSCLES / 細胞株: BL21 / プラスミド: PMHR / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P02247
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-CFO / CHLORO DIIRON-OXO MOIETY


分子量: 163.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: ClFe2O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 27% PEG 6K, 100MM HEPES, 1.0M LICL (PH 7.0)
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
127 %(v/v)PEG60001reservoir
20.1 MHEPES1reservoir
31.0 M1reservoirLiClpH7.0
40.05 MTris-HCl1drop
50.2 M1dropKClpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 119 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1988年8月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→10 Å / Num. obs: 12376 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 8.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076
反射
*PLUS
Num. measured all: 91983
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.74 Å / 最低解像度: 1.8 Å / % possible obs: 58.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
R-AXISデータ削減
R-AXISデータスケーリング
X-PLOR3.8位相決定
精密化解像度: 1.8→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1121 10.3 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.18 10908 90.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 10.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.17 Å
Luzzati d res low-10 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数973 0 6 222 1201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.63
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.18
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.891.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.232
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.122
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.122.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 89 10.3 %
Rwork0.228 771 -
obs--72 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1MHR_PARAM.PROMHR_TOPOL.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg19.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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