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万見
- PDB-1a48: SAICAR SYNTHASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a48
タイトルSAICAR SYNTHASE
要素PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE-SUCCINOCARBOXAMIDE SYNTHASE
キーワードATP BINDING PROTEIN / PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLESUCCINOCARBOXAMIDE (SAICAR) SYNTHASE / PURINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase / phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase activity / purine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase / SAICAR synthetase signature 1. / SAICAR synthetase signature 2. / SAICAR synthetase, conserved site / SAICAR synthetase/ADE2, N-terminal / SAICAR synthetase / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase / SAICAR synthetase signature 1. / SAICAR synthetase signature 2. / SAICAR synthetase, conserved site / SAICAR synthetase/ADE2, N-terminal / SAICAR synthetase / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Levdikov, V.M. / Melik-Adamyan, W.R. / Lamzin, V.S. / Wilson, K.S.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: The structure of SAICAR synthase: an enzyme in the de novo pathway of purine nucleotide biosynthesis.
著者: Levdikov, V.M. / Barynin, V.V. / Grebenko, A.I. / Melik-Adamyan, W.R. / Lamzin, V.S. / Wilson, K.S.
#1: ジャーナル: Biokhimiia / 年: 1992
タイトル: [Substrate Specificity of Phosphoribosyl-Aminoimidazole-Succinocarboxyamide Synthetase (Saicar-Synthetase) from Saccharomyces Cerevisiae Yeast] (Russian)
著者: Alenin, V.V. / Ostanin, K.V. / Kostikova, T.R. / Domkin, V.D. / Zubova, V.A. / Smirnov, M.N.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Investigation of Phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide Synthase from the Yeast Saccharomyces Cerevisiae
著者: Grebenko, A.I. / Levdikov, V.M. / Barynin, V.V. / Melik-Adamyan, W.R. / Myasnikov, A.N.
#3: ジャーナル: Prog.Nucleic Acid Res.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: De Novo Purine Nucleotide Biosynthesis
著者: Zalkin, H. / Dixon, J.E.
#4: ジャーナル: Gene / 年: 1991
タイトル: The Saccharomyces Cerevisiae Ade1 Gene: Structure, Overexpression and Possible Regulation by General Amino Acid Control
著者: Myasnikov, A.N. / Sasnauskas, K.V. / Janulaitis, A.A. / Smirnov, M.N.
#5: ジャーナル: Biokhimiia / 年: 1989
タイトル: [Isolation and Properties of Phosphoribosyl-Aminoimidazole-Succinocarboxyamide-Synthetase from Saccharomyces Cerevisiae Yeasts] (Russian)
著者: Ostanin, K.V. / Alenin, V.V. / Domkin, V.D. / Smirnov, M.N.
#6: ジャーナル: Bioorg.Khim. / 年: 1986
タイトル: [Nucleotide Sequence of the Ade 1 Gene of the Yeast Saccharomyces Cerevisiae] (Russian)
著者: Miasnikov, A.N. / Plavnik, Iu.A. / Sasnauskas, K.V. / Gedminene, G.K. / Ianulaitis, A.A.
履歴
登録1998年2月12日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE-SUCCINOCARBOXAMIDE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7373
ポリマ－34,5451
非ポリマー1922
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.600, 63.700, 81.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHORIBOSYLAMINOIMIDAZOLE-SUCCINOCARBOXAMIDE SYNTHASE / SAICAR SYNTHETASE


分子量: 34545.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: GRF18
参照: UniProt: P27616, phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18-15 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
340 mMaspartic acid1drop
41.0-1.25 Mammonium sulfate1drop
550 mMTris-HCl1reservoir
62.25 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1991年11月1日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→10 Å / Num. obs: 24879 / % possible obs: 97 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 7 / % possible all: 95
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
ARP/wARPモデル構築
PROLSQ精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→10 Å / σ(F): 0
詳細: THE LAST CYCLES OF REFINEMENT INCLUDED THE PARTIAL CONTRIBUTION FROM HYDROGEN ATOMS PLACED AT THEIR IDEALISED POSITIONS WHICH RESULTED IN IMPROVEMENT OF THE R FACTOR BY ABOUT 0.010.
Rfactor反射数%反射
obs0.153 24879 97 %
all-24879 -
原子変位パラメータBiso mean: 23.2 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2383 0 13 319 2715
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0410.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0410.03
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.1792
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.2973
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it5.4443
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it8.274
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2130.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1830.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2730.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2420.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.1193
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor20.1815
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor29.7920
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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