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- PDB-1a3p: ROLE OF THE 6-20 DISULFIDE BRIDGE IN THE STRUCTURE AND ACTIVITY O... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a3p
タイトルROLE OF THE 6-20 DISULFIDE BRIDGE IN THE STRUCTURE AND ACTIVITY OF EPIDERMAL GROWTH FACTOR, NMR, 20 STRUCTURES
要素EPIDERMAL GROWTH FACTOR
キーワードGROWTH FACTOR / MURINE EPIDERMAL GROWTH FACTOR / DISULFIDE CONNECTIVITIES / EGF-LIKE DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by ERBB4 / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Signaling by EGFR / PI3K events in ERBB2 signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by ERBB2 / GAB1 signalosome ...Signaling by ERBB4 / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Signaling by EGFR / PI3K events in ERBB2 signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / Signaling by ERBB2 / GAB1 signalosome / ERBB2 Regulates Cell Motility / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Downregulation of ERBB2 signaling / EGFR downregulation / negative regulation of secretion / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / regulation of protein transport / negative regulation of cholesterol efflux / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / RAF/MAP kinase cascade / PIP3 activates AKT signaling / cerebellar granule cell precursor proliferation / positive regulation of epithelial tube formation / positive regulation of protein localization to early endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / regulation of protein localization to cell surface / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Platelet degranulation / Clathrin-mediated endocytosis / regulation of calcium ion import / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of DNA binding / ERBB2-EGFR signaling pathway / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive regulation of receptor internalization / mammary gland alveolus development / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of mitotic nuclear division / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / growth factor activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / angiogenesis / cell population proliferation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / receptor ligand activity / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pro-epidermal growth factor / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / : / Calcium-binding EGF domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Laminin ...Pro-epidermal growth factor / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / : / Calcium-binding EGF domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-epidermal growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Barnham, K. / Torres, A. / Alewood, D. / Alewood, P. / Domagala, T. / Nice, E. / Norton, R.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Role of the 6-20 disulfide bridge in the structure and activity of epidermal growth factor.
著者: Barnham, K.J. / Torres, A.M. / Alewood, D. / Alewood, P.F. / Domagala, T. / Nice, E.C. / Norton, R.S.
履歴
登録1998年1月22日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EPIDERMAL GROWTH FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8781
ポリマ－4,8781
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100020 BEST, BASED ON STEREOCHEMICAL AND NOE ENERGIES
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド EPIDERMAL GROWTH FACTOR / [ABU6 / 20] MEGF4-48


分子量: 4878.402 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 4 - 48
変異: DEL(1-3, 49-53), C6(AMINO-BUTYRIC ACID), C20 (AMINO-BUTYRIC ACID)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01132
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOSEY
121DQF-COSY
131TOCSY
141E-COSY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D METHODS.

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試料調製

詳細内容: H2O
試料状態pH: 2.8 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMXBrukerAMX5001
Bruker AMXBrukerAMX6002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
X-PLOR3.8位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.8BRUNGER精密化
DYANA構造決定
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 20 BEST, BASED ON STEREOCHEMICAL AND NOE ENERGIES
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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