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万見
- PDB-1a1w: FADD DEATH EFFECTOR DOMAIN, F25Y MUTANT, NMR MINIMIZED AVERAGE ST... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a1w
タイトルFADD DEATH EFFECTOR DOMAIN, F25Y MUTANT, NMR MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素FADD PROTEIN
キーワードAPOPTOSIS / DEATH EFFECTOR DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / negative regulation of activation-induced cell death of T cells / death effector domain binding / FasL/ CD95L signaling / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / ripoptosome / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / death-inducing signaling complex assembly ...positive regulation of CD8-positive, alpha-beta cytotoxic T cell extravasation / negative regulation of activation-induced cell death of T cells / death effector domain binding / FasL/ CD95L signaling / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / ripoptosome / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / death-inducing signaling complex assembly / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / TRIF-mediated programmed cell death / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / positive regulation of adaptive immune response / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / positive regulation of macrophage differentiation / necroptotic signaling pathway / caspase binding / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / death-inducing signaling complex / receptor serine/threonine kinase binding / negative regulation of necroptotic process / activation of cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of innate immune response / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / tumor necrosis factor receptor binding / death receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / motor neuron apoptotic process / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of execution phase of apoptosis / T cell homeostasis / positive regulation of proteolysis / behavioral response to cocaine / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / lymph node development / signaling adaptor activity / extrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / spleen development / thymus development / kidney development / positive regulation of interleukin-8 production / apoptotic signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / Regulation of necroptotic cell death / cytoplasmic side of plasma membrane / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of type II interferon production / cell body / T cell differentiation in thymus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to virus / protease binding / molecular adaptor activity / positive regulation of apoptotic process / innate immune response / apoptotic process / protein-containing complex binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / FADD / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). ...: / FADD / Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FAS-associated death domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Eberstadt, M. / Huang, B. / Chen, Z. / Meadows, R.P. / Ng, C. / Fesik, S.W.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: NMR structure and mutagenesis of the FADD (Mort1) death-effector domain.
著者: Eberstadt, M. / Huang, B. / Chen, Z. / Meadows, R.P. / Ng, S.C. / Zheng, L. / Lenardo, M.J. / Fesik, S.W.
履歴
登録1997年12月18日処理サイト: BNL
改定 1.01998年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FADD PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6511
ポリマ－10,6511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 20
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 FADD PROTEIN / FAS-ASSOCIATING DEATH DOMAIN-CONTAINING PROTEIN


分子量: 10651.189 Da / 分子数: 1 / 断片: DEATH EFFECTOR DOMAIN / 変異: F25Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: SYNTHETIC GENE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174 (DE3) / 参照: UniProt: Q13158

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: SEE MANUSCRIPT

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試料調製

試料状態pH: 4.0 / 温度: 288 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker SEE MANUSCRIPTBrukerSEE MANUSCRIPT5001
Bruker SEE MANUSCRIPTBrukerSEE MANUSCRIPT6002
Bruker SEE MANUSCRIPTBrukerSEE MANUSCRIPT7503

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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