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万見
- PDB-198l: THERMODYNAMIC AND STRUCTURAL COMPENSATION IN "SIZE-SWITCH" CORE-R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 198l
タイトルTHERMODYNAMIC AND STRUCTURAL COMPENSATION IN "SIZE-SWITCH" CORE-REPACKING VARIANTS OF T4 LYSOZYME
要素LYSOZYME
キーワードHYDROLASE (O-GLYCOSYL) / CAVITIES / CORE-PACKING / PROTEIN STABILITY
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Baldwin, E. / Xu, J. / Hajiseyedjavadi, O. / Matthews, B.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme.
著者: Baldwin, E. / Xu, J. / Hajiseyedjavadi, O. / Baase, W.A. / Matthews, B.W.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: The Role of Backbone Flexibility in the Accommodation of Variants that Repack the Core of T4 Lysozyme
著者: Baldwin, E.P. / Hajiseyedjavadi, O. / Baase, W.A. / Matthews, B.W.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1989
タイトル: Control of Enzyme Activity by an Engineered Disulfide Bond
著者: Matsumura, M. / Matthews, B.W.
#3: ジャーナル: Methods Enzymol. / 年: 1989
タイトル: Expression and Nitrogen-15 Labeling of Proteins for Proton and Nitrogen-15 Nuclear Magnetic Resonance
著者: Muchmore, D.C. / Mcintosh, L.P. / Russell, C.B. / Anderson, D.E. / Dahlquist, F.W.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Structure of Bacteriophage T4 Lysozyme Refined at 1.7 Angstroms Resolution
著者: Weaver, L.H. / Matthews, B.W.
履歴
登録1995年11月6日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42020年7月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: diffrn / diffrn_detector ...diffrn / diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_source / pdbx_database_status / software / struct_ref_seq_dif
Item: _diffrn.ambient_pressure / _diffrn_detector.details ..._diffrn.ambient_pressure / _diffrn_detector.details / _diffrn_detector.type / _diffrn_radiation.monochromator / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_wavelength_list / _diffrn_source.source / _diffrn_source.target / _diffrn_source.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOZYME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8565
ポリマ－18,6281
非ポリマー2274
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.100, 61.100, 96.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 LYSOZYME


分子量: 18628.363 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, C97A, L121A, A129L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato
解説: MUTANT GENE WAS DERIVED FROM SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF THE GENE FOR CYS-FREE WILDTYPE T4 LYSOZYME IN M13 USING THE METHOD OF KUNKEL AND THE VECTOR SYSTEM DESCRIBED IN REFERENCE 3 BELOW
Variant: CYS-FREE WILDTYPE T4 / プラスミド: M13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.74 %
結晶化pH: 6.7 / 詳細: pH 6.7
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
120 mg/mlprotein11
20.55 M11NaCl
314 mMmercaptoethanol11
41 mM11MgCl2
50.01 Msodium phospahte11m
62.2 M11NaH2PO4
71.8 M11K2HPO4

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データ収集

回折Ambient pressure: 101 kPa / 平均測定温度: 298 K
放射光源由来: rotating-anode X-ray tube / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 / Target: Cu
検出器タイプ: AREA DETECTOR / 検出器: AREA DETECTOR / 詳細: Xuong-Hamlin
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray / 波長: 1.5418 Å
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Rmerge(I) obs: 0.041
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 12672 / % possible obs: 84 % / Rmerge(I) obs: 0.041

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT精密化
XUONG-HAMLIN(DETECTOR SYSTEM)データ削減
Xengen (HOWARD, NIELSEN, XUONG)データスケーリング
精密化解像度: 2→10 Å / σ(F): 0
詳細: MUTANT SPACE GROUP, P 32 2 1, IS ISOMORPHOUS TO WILD TYPE. STARTING COORDINATES WERE BASED ON THE CYS-FREE WILD-TYPE MODEL.
Rfactor反射数%反射
obs0.158 12672 84 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1292 0 10 143 1445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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